OmicsTools的R语言分析环境配置教程效果示意图

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OmicsTools的R语言分析环境配置教程效果示意图

软件介绍

我开发了一款本地电脑无限使用的零代码生信数据分析作软图神器电脑软件OmicsTools，欢迎大家使用OmicsTools进行生物医学科研数据分析和作图，该软件件能让大家在不需要任何编程和代码编写的基础上，分析次数没有限制，可以无限使用，让您在自己的电脑上快速进行大量的生信分析和加速大家的科学研究。

软件下载
我开发的本地电脑无限使用无限分析作图的生信零代码一键分析电脑软件神器OmicsTools 软件在github上的zihaoxingstudy1/OmicsTools仓库中，大家可以下载安装OmicsTools进行各种生信分析和可视化作图。

更新的软件下载

OmicsTools软件是一直都在更新，而且是永久更新的，而且更新非常频繁，一直在为大家增加更多的生信分析功能，一般每隔两周都会更新一版OmicsTools并添加更多新的功能进来。

OmicsTools的更新和优化包括实时推送的日常小更新优化和版本整体的增量大更新，平时用户反馈参数的改动和新特性和一些问题我都会快速进行优化，用户只需要把软件进程关掉，重启一下，就能实时享受到最新的功能和解决掉反馈的故障问题，大版本的更新我每隔两周左右发一个新版本的安装包。

我更新的在本地电脑无限使用无限分析作图的生信零代码一键分析电脑软件神器OmicsTools新版本软件都可以到我的zihaoxingstudy1/OmicsTools github仓库中下载，也可以到我的生信交流qq群931846486的群文件中下载到OmicsTools分析软件,大家可以一直下载安装更新的OmicsTools软件进行各种生信分析和可视化作图。

qq群的OmicsTools的软件版本一般会更新的频率更高，版本更新，建议大家直接到我的qq群下载更新的OmicsTools软件版本

OmicsTools软件安装使用

OmicsTools软件以及依赖的R语言，R包等工具的安装目录都是要安装在D盘下的omics_tools这个根目录下，大家需要分析的数据可以放到其他磁盘下，但是OmicsTools系列的软件都是要安装到D:/omics_tools这个根目录下。

首先大家需要有一个D盘这个磁盘，一般的windows电脑除了C盘系统盘以外，都是有D盘这个磁盘的。如果是一些朋友新买的电脑只有一个C盘的话，建议对C盘进行下磁盘分区，分出一个D盘出来。

windows电脑的一个良好的操作规范是：C盘是系统盘，D盘是软件盘，E盘是数据盘，软件一般安装在D盘，大家的一些数据资料可以放在E盘，软件大家一般按照在C盘系统盘，因为大量的软件安装在C盘会占用系统盘的很多空间，而且软件在运行后也会经常产生一些缓存数据要占用磁盘空间，如果很多软件都被安装在C盘，就会导致C盘的系统盘空间越来越小，慢慢电脑就会变得很卡顿。

大家首先在D盘的根目录下新建一个omics_tools这样的软件安装的根目录，注意：omics_tools字母都是小写的，中间用下划线隔开，大家不要命名成大写的了，一定要跟我写的教程里这样的目录名一模一样才行，这样就可以一次性整体安装配置成功。

具体操作的示意图如下

需要注意的是： omics_tools软件在每天的第一次启动的时候，需要加载很多组件，第一次启动的时间可能会比较长，大概在两分钟左右，就会自动弹出软件的窗口界面，第一次启动后，后面关掉软件后，再重启双击击OmicsToolsApp.exe启动每次都可以秒开软件了，二次启动时非常快的，就是第一次启动的时候大家需要等待两分钟让软件加载成功，软件启动后弹出的窗口界面如下：

大家可以点击Register选项进行用户注册，点击Login选项进行用户登录，登录成功后，就进入各个模块的生信分析界面了。

如果遇到部分电脑上弹出的' 由于找不到ffmpeg.dll'的报错问题，可以用下面的方法解决：

软件的安装目录下是有ffmpeg.dll的，只是没有被一些电脑识别到，C:\Windows\System32 是系统搜索 DLL 文件的主要路径之一。如果在其他位置也存在同名的 DLL 文件（例如软件的安装目录），系统可能会优先使用 System32 目录中的文件。大家可以把ffmpeg.dll添加到C:\Windows\System32里可以来解决这个问题。

另外，在使用omics_tools进行生信分析的时候，需要先安装配置一下R语言和所有生信分析用到的R包，很多朋友可能安装一些国外服务器上的生信R包都安装不了，经常在自己电脑上安装一些R包都会报错。，但是，我已经把所有生信分析的R包都全部安装编译成功了一份放在了我的百度网盘里，也给会员用户分享了百度网盘的链接，大家直接从我百度网盘里下载解压到自己的电脑上就能开箱即用所有的生信R包了，不需要大家花时间去安装各种R包，全部都是可以直接正常使用的。

日常每天晚上11点左右会在b站或抖音’邢博士谈科教’直播间上给大家在线直播生信分析教学和答疑，大家平时有空的时候都可以来看我直播，跟我提问和学习生信分析快速做各种生物医学领域的科研。

OmicsTools依赖的R语言分析环境配置

R语言+Rtools+大量的R包的总文件体积非常庞大，可能快到10个G了，打包的软件体积不能太大，这样不利于用户下载软件，所以，我的OmicsTools软件包体积是200多MB，内部没有包含R语言完整的分析环境，但是我都给每个OmicsTools会员用户发了一份R语言+Rtools+所有被我编译好的直接拷贝到自己电脑上就能开箱即用的R包下载网盘链接，还有详细的b站视频教学链接，大家按照我发的网盘文件和我录制的b站教学视频都能很容易的把R语言的分析配置好。

在这里，我在跟大家提一下R语言分析环境配置时需要注意的一些细节操作。

特别提示（这是大家安装配置时最需要注意的事情)：

如何快速一次性配置好OmicsTools的R语言生信分析环境？

1. 不要直接用我百度网盘里文件下载解压缩后的目录和名字，你应该在你的电脑上跟我视频和这篇文章教程里演示的那样创建一模一样的目录和路径，如果这些目录和路径在你的电脑里还不存在，就在你电脑里创建同样的目录名称的路径。
2. 切记，这些目录的名称和路径一定要跟我的视频和这篇文章教程截图里的完全一模一样就可以一次性配置成功了。

OmicsTools安装配置的b站教学视频

生信科研数据分析作图神器OmicsTools电脑软件安装使用教程

这个安装配置视频将的非常详细，大家一定要把这个视频从头到尾完整看一遍，大家完整的安装这个视频的教学来操作，基本上都可以把OmicsTools分析环境配置好的。

所有生信分析的R包我都 编译打包了一份，大家 下载到自已电脑上就可 以开箱即用了，能解决 各种R包安装失败问题

这个补充答疑的视频大家也认真看看,讲解了如何试用我网盘里的所有开箱即用的R包以及最新分享的R包, Rlibs目录该如何配置，以及怎么解决Seurat报错问题，对于配置OmicsTools构建完整的生信分析R环境也是非常重要的。

R语言+Rtools+git整套软件的下载安装

软件下载

可以从我发的百度网盘链接中下载这一整套软件，或者从官网上下载，但是要下载R-4.3.2这个版本。

压缩包中有这些软件，除了Rprofile.site文件是一个配置文件，不属于软件，在后面R语言安装好后，需要替换掉R语言安装后的目录中原有的Rprofile.site文件外，其余的三个都是软件，都需要安装。具体的安装教程可以看接下来的内容：

R语言安装

R语言必须要安装到D:\omics_tools\R\R-4.3.2这个目录下，安装好的示意图如下：

Rtools安装

Rtools在windows系统中R包安装等常见非常有用，大家需要安装到你们的电脑中。Rtools要安装到D:\omics_tools\Rtools\Rtools43这个目录下。

安装好的示意图如下：

Git软件安装

Git软件在windows系统中也很有用，从github上下载文件或R包都很有用，需要安装一下，git软件要安装到D:\omics_tools\git这个目录下。

安装好的示意图如下：

把安装好的这些软件的启动路径添加到用户环境变量

这些安装好的软件都需要添加到环境变量中才能再终端中正常的使用R语言进行各种生信分析和科研作图。

添加到环境变量的操作示意图如下：

需要注意的是，这个添加环境变量的路径都要跟我截图的这个路径是一模一样的，这样就是能配置好的，另外，D:\omics_tools中的omics_tools目录名称是小写的，大家不要命名成大写的了。

环境变量的路径我放到这里，一共有8个，大家可以直接复制粘贴添加到环境中就行了：

D:\omics_tools\R\R-4.3.2\bin\x64
D:\omics_tools\R\R-4.3.2\bin
D:\omics_tools\Rtools\Rtools43
D:\omics_tools\Rtools\Rtools43\usr\bin
D:\omics_tools\Rtools\Rtools43\x86_64-w64-mingw32.static.posix\bin
D:\omics_tools\git\bin
D:\omics_tools\git\cmd
D:\omics_tools\git\usr\bin

下载解压所有开箱即用的R包

R包的网盘文件

我给大家发了很多开箱即用的R包下载网盘链接，这是最全的R包的网盘文件,其中Rlibs_part_a_c.rar, Rlibs_part_d_o.rar,Rlibs_part_p_t.rar,Rlibs_part_u_z.rar是我把D:\omics_tools\Rlibs\R-4.3.2原来所有的R包名称从a-z所有R包拆分了4份压缩后上传到了百度网盘，因为百度网盘不让上传太大的压缩包，同时add_dir.rar是我日常有更新或新增的一些R包后补充上传到百度网盘的压缩包。

全部R包的解压方式和解压移动好的效果示意图

大家把上面的这五个R包下载到本地电脑后，先把这五个R包都解压一下，因为add_dir.rar这个压缩包的R包时最新更新的一些R包，所以add_dir.rar一定要放在最后解压，如果add_dir.rar第一个解压，后面旧版本有重名的R包就会替换add_dir.rar中新版本的R包，R包的版本就又变旧了，大家解压的顺序要是先解压Rlibs_part_a_c.rar,Rlibs_part_d_o.rar;Rlibs_part_p_t.rar;Rlibs_part_u_z.rar这四个压缩后，然后再解压add_dir.rar这个压缩包，如果add_dir.rar压缩包中有跟前四个压缩包中重名的R包，就选择‘全部替换’, 用add_dir.rar中最新的R包替换掉前面四个part中重名的旧R包，就能达到R包定期更新的目的了。

add_dir.rar这个压缩包的体积也达到1个GB了，里面也是增加了很多生信R包，我近期更新增加的R包都放在了add_dir1.rar中，大家到最后也可以把我增加的这个add_dir1.rar的压缩包下载解压一下。

然后最重要最关键的就是，大家一定要进入解压后的目录里并把这些R包目录中所有的一个个R包全部都复制移动到D:\omics_tools\Rlibs\R-4.3.2这同一个目录下。所有的R包移动到D:\omics_tools\Rlibs\R-4.3.2里面后，这些R包就能开箱即用，不用大家再辛苦安装各种R包了. 解压并把所有R包都移动到D:\omics_tools\Rlibs\R-4.3.2这个目录后的部分R包展示的示意图如下:

替换修改掉R语言的Rprofile.site配置文件

把R语言自带的Rprofile.site文件用我发给大家的Rprofile.site文件替换一下，就能适配omics_tools来用R语言做各种生信分析了。

R语言配置文件Rprofile.site文件替换操作如下：

D:\omics_tools\R\R-4.3.2\etc目录下有个原始的Rprofile.site配置文件，大家把这个配置文件替用发你们的网盘链接里的Rprofile.site文件替换一个，R的分析环境就配置好了。

用我网盘的Rprofile.site替换掉原有的那个Rprofile.site

测试R语言分析环境的安装配置效果

打开cmd命令提示符

使用which命令在命令提示符终端中检索R和g++的启动路径

1. 打开cmd命令提示符
2. 打个which R，看看能否返回R的启动路径
3. 打个which g++, 看看能否反馈g++的启动路径

如果大家打开的cmd命令行没有返回路径，环境变量已经添加和保存的话，那可能是cmd终端打开的太早了，打开把原来的cmd终端关闭掉，再重新打开个新的cmd终端，来重新测试这些命令就行了。

如果能返回R的启动路径和g++的启动路径，就说明环境变量已经配置成功了。另外，如果返回的g++路径不是上图中的路径，很可能是大家看了生信自学网的课，下载了perl,并把perl的路径添加到系统变量里了，然后g++用的是perl里的g++, 大家也可以暂时不用管这个问题，因为g++在编译一些依赖c++的R包是很有用，但是所有的R包都已经被我编译适配好了，大家也就不用再管这个问题了。

或者大家也可以到系统环境变量里把perl的环境变量删除掉，我前面是让大家把R系列的环境变量添加再用户环境变量下了，perl的环境变量很可能是被大家添加到了系统环境变量下了，系统环境变量比用户环境变量全局性更强，同时环境变量是越靠前，越优先试用，要么大家也把Rtools系列的环境变量也添加到系统环境变量中，并移动到perl路径的上面，要么把系统环境变量中的perl路径给删掉。

测试R语言和R包能否正常工作

1. 打开cmd命令提示符，打个which R

2. 打个R， 启动R语言解释器

3. 打个library(Seurat), 测试一下R包的加载效果

如果library(Seurat)能正常加载且没出现任何报错信息，就说明我给大家发的Seurat等大量开箱即用的R包都是能正常使用的。

至此，OmicsTools依赖的所有的R语言分析环境就完全配置完成了。

Seurat包加载报错的解决方法

解决方法是替换掉R语言原来的library下的所有R包

R语言安装目录下的library中也自带了一些R包，但是这些R包的版本有的比较旧了，尤其是Matrix包的版本比较旧，可能会导致单细胞分析的Seurat包和SeuratObject包加载失败报错的情况，在加载Seurat的时候会出现下面的这种报错：

要替换的R包的网盘文件:

关闭cmd命令提示符，进入D:\omics_tools\R\R-4.3.2这个R语言的安装目录，删除library这个子目录

把我网盘里的library解压到D:\omics_tools\R\R-4.3.2下

解压好的library目录示意图如下:

替换工作完成后，再重新执行以下上一步的测试命令

如果library(Seurat)能正常加载且没出现任何报错信息，就说明我给大家发的Seurat等大量开箱即用的R包都是能正常使用的。

至此，OmicsTools依赖的所有的R语言分析环境就完全配置完成了。

后续生信分析中大家需要注意的事情

标准的软件使用和数据分析流程

1. 先看我的b站教学视频

2. 先从我的百度网盘把演示数据集下载下来，先把要运行的模块的演示数据集先运行一遍

3. 前两步都做完了，演示数据集也运行成功了，并且知道了软件的每个参数该怎么填？演示数据集的文件在excel表中打开之后它是什子的？然后演示数据集的运行过程是什么样子的？运行的结果是什么样子？然后这些都做完了，都理解清楚，理解的很透彻之后再去运行你自己的数据。而且在运行数据的过程中尽量的把你的数据的列名文件内容结构跟演示数据的列名文件内容结构比较接近。这样的话就你自己的数据也会很顺利的。

也有一些朋友教学视频还没看，演示数据集也没有运行过，就直接开始运行自己的数据，由于对分析要填的参数没有理解透彻，填错参数，就会导致分析出错，大家在分析的时候，还是要严格遵循我上面说的三步走的流程来做，基本上每个分析都是很顺利的。

分析参数文件路径格式的注意事项

大家给要分析用到的文件路径或目录路径的时候，以D:/omics_tools/demo_data/scrnaseq/GSE189125/GSE189125_5prime_scRNAseq_seqbatchA_counts.txt.gz 这个文件为例，具体的标准规范写法如下：

1.路径首先应该是一个完整的路径，从D盘的盘符D:/根目录一直到最后的文件名用左斜杠连接起来的一个完整的文件路径，这些的文件基本上都是可以被识别和读取的，不要只给一个简单的文件名，这样就不知道这个具体是你电脑上哪个磁盘哪个目录的文件

2. 无论是给文件路径还是给目录路径的时候，所有的路径分隔符全都要用/这样的左斜杠，不要用\这样的斜杠，朝右的斜杠\是不规范的，这样的文件路径不容易被软件正常识别和读取，朝左的斜杠/是标准的文件路径的给法，这样运行起来基本上都是没问题的。大家可以先把文件路径在记事本里修改好，再复制粘贴给软件去分析运行。

3. 文件名路径中都不要出现有空格，括号等特殊符号，让文件名变得非常不规范，这种文件名命名格式也是我也一再不提倡的，不要在在任何文件名名称中弄出空格，括号等特殊符号。

单细胞，WGCNA等部分生信分析需要较大的运行内存，自己电脑内存配置不够的解决方法

电脑的运行内存基本上是所有生信分析的最大瓶颈，内存条对于生信分析和大数据分析的重要性远远超过了CPU和显卡，大家想做生信分析，电脑的运行内存基本上都是要越大越好，16G是可以做很多生信分析，大家电脑能拓展内存条的话，最好把电脑运行内存升级到32G,反正就是越大越好，内存越大，就支持运行很多耗内存的分析，能读取和分析更大的数据集文件。

当电脑运行内存不够，导致分析执行中断的解决办法：

1. 加装更大更多的内存条

2. 给电脑配置一下虚拟内存，具体教程可以看我下面的b站视频教程：

在windows系统上设置虚拟内存拓展解决单细胞等生信分析内存不够的问题_哔哩哔哩_bilibili大家看了我整个单细胞分析流程的系统讲解视频+每个模块的实操讲解视频+每个模块的演示数据，这样下来基本上一天就能精通单细胞的全流程分析，并能快速用自己的单细胞测序数据或公共数据库下载的单细胞数据在自己的电脑上跑完单细胞分析的全部流程。 包括但不限于单细胞数据的全流程零代码一键分析软件神器OmicsTools在我的github仓库zihaoxingstudy1/OmicsTools仓库中大家可以下载安, 视频播放量 66、弹幕量 0、点赞数 1、投硬币枚数 0、收藏人数 2、转发人数 2, 视频作者 邢博士谈科教, 作者简介 OmicsTools 生信电脑软件作者，每晚11点在线直播论文复现教学，提供生信个性化分析科研作图服务，淘宝店：生信研究，相关视频：LASSO回归到底是什么？10min详解定义/结果图解读，生信分析必备知识！，48，Q1区93.6分，单特征对泛癌的因果关系，维生素 D 与妊娠相关高血压疾病的风险：孟德尔随机化研究，根据GSE编号自动下载处理GEO数据提取出表达矩阵和样本分组信息，所有生信分析的R包我都 编译打包了一份，大家 下载到自已电脑上就可 以开箱即用了，能解决 各种R包安装失败问题，芬兰数据库的数据查找下载和读取并进行孟德尔随机化分析教程，当初花5k买的单细胞测序学习教程，用不到了，分享给大家，允许白嫖，太尴尬了！到底谁发明的透明的安全裤？，关于网络药理学等生信分析功能的直播答疑，我开发的GEOTCGA多组学单细胞生信零代码分析神器免费下载试用，GEO平台的各种数据的下载分析思路详细讲解https://www.bilibili/video/BV1bm42137tz/

软件的更新升级方法

OmicsTools的更新和优化包括实时推送的日常小更新优化和版本整体的增量大更新，平时用户反馈参数的改动和新特性和一些问题我都会快速进行优化，用户只需要在任务管理器把OmicsTools相关的所有软件进程都关掉，再重新打开软件或者直接重启电脑系统，就能实时享受到最新的功能和解决掉反馈的故障问题，大版本的更新我每隔两周左右发一个新版本的安装包。

大家注意，进行软件的更新升级时候，一定要先在任务管理器把OmicsTools相关的所有软件进程都关掉，再重新打开软件或者直接重启电脑系统，这样软件的更新才会生效，只是把软件的窗口关掉，再打开软件的话，后台还有原来的进程的话，还是运行的之前的版本，是不会立即生效的，软件在彻底关掉进程重启或第一次打开的时候，要等待两分钟加载完成软件窗口会自动弹出，后续每次打开软件就很快了。

软件的更新的讲解可以看下面的这个视频：

https://www.bilibili/video/BV1oi421m7Ci/ 

关于遇到问题了如何跟我沟通和反馈

大家平时有生信分析问题和软件使用问题直接优先选择在我b站视频或CSDN文章相关教学教程下方发文字或截图的评论给我看，我会经常看大家的留言评论，及时在评论区回复大家给大家答疑解惑和解答大家遇到的各种问题。

b站视频下方的评论区是可以发文字，也可以发图片的，大家想发什么消息，都可以发在我的评论区，我会快速回复大家，多跟大家聊天互动，答疑解惑，解答大家提出的任何问题和疑惑。

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