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2024年4月24日发(作者:)
使用Discovery Studio进行化合物ADMET性质预测教程
目的:采用Discovery Studio,以一组小分子化合物为实例,计算其ADMET性质并对预测
结果进行分析。
所需功能和模块:Discovery Studio Visualizer Client和DS ADMET。
所需数据文件:。
所需时间:10分钟
介绍
ADMET性质是指分子在有机体内的吸收、分布、代谢、排泄和毒性等性质。如果在药
物研发的早期阶段就能依据化合物的ADMET性质对先导化合物进行有针对性的选取和优
化改造,这对提高药物研发的成功率以及减少药物研发后期过程中由于ADMET性质问题
所造成的资金浪费问题,是非常必要的。ADMET描述符可以有助于及早排除ADMET性质
不好的化合物从而避免后期耗资巨大的结构改造,同时也可以评价结构优化的效果,是否确
实改善了ADMET属性,从而避免合成所支出的过多资源。
本教程主要介绍了在Discovery Studio中如何进行化合物ADMET性质的预测,以及预
测结果的分析。
本教程包括:
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运行ADMET性质计算流程
分析ADMET性质预测结果
Discovery Studio中可以计算的ADMET性质包括:
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25摄氏度下水溶解度(aqueous solubility)
血脑屏障通透性(Blood brain barrier penetration,BBB)
细胞色素P450 2D6抑制性(Cytochrome P4502D6 inhibition)
肝毒性(hepatotoxicity)
人类肠道吸收性(human intestinal absorption,HIA)
血浆蛋白结合率(plasma protein binding)
运行ADMET性质计算流程
1. 导入小分子化合物文件
在文件浏览器(Files Explorer)中,展开Samples | Tutorials | QSAR,双击打开文
件。
在表格浏览器中可以看到一共有20个丙酮酸盐激酶抑制剂。
2. 选择计算性质,运行计算流程
在工具浏览器(Tools Explorer)中,展开Small Molecules | Calculate Molecular Properties,
点击ADMET Descriptors,打开ADMET Descriptors对话框。
点击Input Ligands右边的栅格,选择下拉列表中的pk-test:All,选择所有小分子化合物。
注:如果pk-test Molecule窗口已经打开,那么该处会自动设置。
ADMET Descriptors参数选择默认设置,即选取所有ADMET性质。(图1)
此操作将计算所有小分子化合物的所有ADMET性质。
图1“ADMET Descriptors”流程参数设置
点击Run运行作业。
等待作业完成。
注:该作业完成时间在30s以内(CPU为2.4GHz的计算机)。
为清晰起见,从菜单栏中选择Window | Close All关闭不必要窗口。
分析预测结果
待作业完成后,自动跳出一个对话框(图2)。
或者待作业完成后,双击作业浏览器(Jobs Explorer)中相应的行,打开Report页面。点击
View Results按钮。同样会跳出该对话框。
版权声明:本文标题:Discovery Studio官方教程--ADMET预测药物代谢动力学 内容由热心网友自发贡献,该文观点仅代表作者本人, 转载请联系作者并注明出处:https://www.elefans.com/xitong/1713902781a377253.html, 本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌抄袭侵权/违法违规的内容,一经查实,本站将立刻删除。
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