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2024年6月15日发(作者:)
(19)中华人民共和国国家知识产权局
(12)发明专利说明书
(21)申请号 CN2.3
(22)申请日 2010.05.24
(71)申请人 浙江省林业科学研究院
地址 310023 浙江省杭州市小和山高教园区留和路399号
(72)发明人 李海波 樊琳 沈爱华 江波
(74)专利代理机构 杭州天正专利事务所有限公司
代理人 黄美娟
(51)
C12Q1/68
C12N15/11
(10)申请公布号 CN 101899505 A
(43)申请公布日 2010.12.01
权利要求说明书 说明书 幅图
(54)发明名称
鉴别杉木无性系开天3号的分子特
异性标记引物及方法
(57)摘要
本发明提供了一种可鉴别杉木无性
系开天3号的分子特异性标记引物,以及
利用该引物对杉木无性系开天3号进行区
别和鉴定的方法。所述引物序列为:上游
引物:5′-TCGCCCAGTCGATCAGATAA-
3′,下游引物:5′-
TCGCCCAGTCCACCCTCA-3′;本发明检
测方法与常规形态学检测杉木无性系相
比,具有检测时间短,准确性高的优点;
本发明方法检测所需时间只要1~2天。
法律状态
法律状态公告日
法律状态信息
法律状态
权 利 要 求 说 明 书
1.一种鉴别杉木无性系开天3号的分子特异性标记引物,所述引物序列如下:
上游引物:5′-TCGCCCAGTCGATCAGATAA-3′
下游引物:5′-TCGCCCAGTCCACCCTCA-3′。
2.一种利用权利要求1所述分子特异性标记引物对杉木无性系开天3号进行快速鉴
别的方法,所述方法包括:提取待测杉木基因组DNA作为模板、以所述分子特异
性标记引物作为扩增引物,配制PCR反应体系进行PCR扩增,对扩增产物进行电
泳检测,若电泳结果出现1211bp的DNA条带,则待测杉木为杉木无性系开天3
号,所述分子特异性标记引物序列为:
上游引物:5′-TCGCCCAGTCGATCAGATAA-3′
下游引物:5′-TCGCCCAGTCCACCCTCA-3′。
3.如权利要求2所述的方法,其特征在于:
所述PCR反应体系每20μl组成如下:
PCR Buffer 终浓度为1×
dNTPs 各1.0~2.0mM
MgCl2 1.5~2.0mM
Taq DNA酶 1~5U
上、下游引物 各0.5~0.8μM
模板DNA 60~80ng
ddH2O补足至20μl;
PCR反应条件如下:
94℃预变性6min后;94℃变性40s,63℃退火40s,72℃延伸2min,
共28个循环;最后于72℃补平7min,终止温度为4℃。
4.如权利要求2所述的方法,其特征在于所述方法如下:
(1)取待测杉木幼嫩叶片,以SDS-CTAB法提取待测杉木基因组DNA;
(2)以步骤(1)提取的基因组DNA为模板,以所述分子特异性标记引物作为扩增引物,
进行PCR扩增:
PCR反应体系组成如下:
10×PCR Buffer 2μl
10mM dNTPs 3.2μl
25mM MgCl2 1.5μl
5U/μLTaq DNA酶 0.5μl
25μM上、下游引物 各0.5μl
20ng/μL模板DNA 3μl
ddH2O补足至20μl;
PCR反应条件如下:
94℃预变性6min后;94℃变性40s,63℃退火40s,72℃延伸2min,共28个循环;
最后于72℃补平7min,终止温度为4℃;
(3)取步骤(2)扩增产物5μL,与1μl 0.25%溴酚兰缓冲液混匀,点样于1.5%的琼脂
糖凝胶上,于1×TAE缓冲液中、5V/cm电压下电泳,电泳结束后EB染色,于自
动凝胶图像分析仪上照相,若电泳结果出现1211bp的DNA条带,则待测杉木为
无性系开天3号。
5.如权利要求4所述的方法,其特征在于所述EB染色为在含0.5μg/ml EB的水溶
液中染色30分钟。
说 明 书
(一)技术领域
本发明涉及一对鉴别杉木无性系开天3号的分子特异性标记引物,以及利用该引物
对杉木无性系开天3号进行快速鉴定的方法。
(二)背景技术
杉木(Cunninghamia lanceolata(Lamb.)Hook.)是我国南方省(区)主要用材、造林树种,
其栽培历史悠久,自然分布区域广泛,生态环境多样。自20世纪50年代以来,以
穗条扦插方式进行的杉木无性系育种工作逐渐开展起来,杉木无性系苗造林在福建、
湖南、浙江、广西等省区也随之得到发展。杉木萌芽性强、易于无性系繁殖,其无
性系个体在形态特征上高度相似,传统的形态特征识别方法由于易受树龄和环境的
影响,很难对其进行准确的分类鉴定。此外,近年来各杉木产区、科研机构间开展
杉木育种材料的交流及引种调拨频繁,再加上各自命名等原因,不仅造成了一定程
度上杉木优良无性系的种源难以区分辨别,也导致了在管理和利用上的混乱局面。
开天3号是经过国家鉴定过的优良杉木无性系,10年生每亩年生产木材2立方米
(蓄积),平均树高13.5米,胸径15.4厘米,是普通杉木速生丰产林的3倍多。而
且其具有木质不易开裂,抗病虫能力强等特点。是浙江西部最主要的造林无性系。
但是由于开天3号于其他杉木无性系在形态上极为相似,不易区分辨别,影响杉木
的推广与造林生产工作。因此对开天3号无性系的准确鉴别不仅有利于我国杉木资
源的保护、发掘与利用,而且对于指导当前的杉木造林、更好地发挥杉木在我国林
业生产上的巨大作用具有重要的现实意义。
杉木研究在目前已达到分子水平,并已取得一些成效,但在杉木无性系的分子识别
上,目前应用的RAPD、ISSR技术并不理想,不够便捷。其中,RAPD标记的竞
争反应导致其重复性和稳定性较差,而且检测到的谱带通常有5~10条;ISSR在
应用上需要反复摸索建立最适的反应条件,而且不同ISSR标记的反应条件不同。
显然,以杉木无性系的分子识别、鉴定为目的,理想的分子手段应该是针对不同的
杉木无性系设计不同的特异引物,以特异引物的PCR检测获得的稳定DNA谱带作
为特异指纹用于杉木无性系的可靠识别与鉴定。
SCAR(特征性片段扩增区域)标记是1993年由Paran和Michelmore在RAPD基础上
提出的,它基于对特异RAPD片段的测序,根据两端序列设计一对18~24碱基的
引物,在较高的退火温度下进行特异扩增实现的,其专一性引物的采用排除了随机
引物结合位点之间的竞争,因而它是一种十分稳定的分子标记,在应用上具有迅速、
简便、低成本的特点。到目前为止,在我国杉木种质资源的研究上,除建立了杉木
种子随体染色体的二对SCAR标记外,SCAR标记尚未用于杉木种质资源间的分子
识别与鉴定。
(三)发明内容
本发明目的是提供一种可区别杉木无性系开天3号的分子特异性标记引物,以及一
种利用该引物对杉木无性系开天3号进行快速辨别的方法。
本发明采用的技术方案是:
一种鉴别杉木无性系开天3号的分子特异性标记引物,所述引物序列如下:
上游引物:5′-TCGCCCAGTCGATCAGATAA-3′
下游引物:5′-TCGCCCAGTCCACCCTCA-3′。
该引物对是采用PCR技术,经过大量筛选试验,采用RAPD标记获得杉木无性系
开天3号的差异DNA片段,将该片段克隆测序,以得到DNA序列为基础设计特
异性引物。以该引物对对杉木无性系开天3号进行PCR扩增,可从杉木无性系开
天3号中获得1211bp大小的特异性片段。
本发明还涉及利用所述分子特异性标记引物对杉木无性系开天3号进行快速鉴别的
方法,所述方法包括:提取待测杉木基因组DNA作为模板、以所述分子特异性标
记引物作为扩增引物,配制PCR反应体系进行PCR扩增,对扩增产物进行电泳检
测,若电泳结果出现1211bp的DNA条带,则待测杉木品种为杉木无性系开天3
号,所述分子特异性标记引物序列为:
上游引物:5′-TCGCCCAGTCGATCAGATAA-3′
下游引物:5′-TCGCCCAGTCCACCCTCA-3′。
所述方法关键在于扩增引物的选择,DNA提取、PCR反应体系及反应条件确定,
以及电泳检测,均可按照本领域常规方法进行。
此外,需要说明的是,本发明分子特异性标记引物和检测方法仅适用于杉木无性系
开天3号的区分,即待测杉木无性系是限定为杉木无性系开天3号的范围内。由于
杉木之间形态特征差异非常小,市场上将杉木区分辨别错误的情况时有发生,而采
用本发明方法,可对杉木无性系开天3号进行快速区分和鉴定,方法简单、快捷、
准确。
优选的,所述PCR反应体系每20μl组成如下:
PCR Buffer 终浓度为1×
dNTPs 各1.0~2.0mM
MgCl2 1.5~2.0mM
Taq DNA酶 1~5U
上、下游引物 各0.5~0.8μM
模板DNA 60~80ng
ddH2O补足至20μl;
PCR反应条件如下:
94℃预变性6min后;94℃变性40s,63℃退火40s,72℃延伸2min,共28个循环;
最后于72℃补平7min,终止温度为4℃。
PCR Buffer终浓度为1×,是指PCR Buffer中各组分在反应体系中的浓度与
1×PCR Buffer相同,通常选用体积为反应体系体积1/10的10×PCR Buffer。
10×PCR Buffer成分为:100mM Tris-HCl(pH8.5)、500mMKCl、
25mM MgCl2和1.0%Triton-X-100,溶剂为ddH2O。
具体的,所述方法如下:
(1)取待测杉木幼嫩叶片,以SDS-CTAB法提取待测杉木基因组DNA;
(2)以步骤(1)提取的基因组DNA为模板,以所述分子特异性标记引物作为扩增引物,
进行PCR扩增:
PCR反应体系组成如下:
10×PCR Buffer 2μl
10mM dNTPs 3.2μl
25mM MgCl2 1.5μl
5U/μL Taq DNA酶 0.5μl
25μM上、下游引物 各0.5μl
20ng/μL模板DNA 3μl
ddH2O补足至20μl;
PCR反应条件如下:
94℃预变性6min后;94℃变性40s,63℃退火40s,72℃延伸2min,共28个循环;
最后于72℃补平7min,终止温度为4℃;
(3)取步骤(2)扩增产物5μl,与1μl 0.25%溴酚兰缓冲液混匀,点样于1.5%的琼脂糖
凝胶上,于1×TAE缓冲液中、5V/cm电压下电泳,电泳结束后EB染色,于自动
凝胶图像分析仪上照相,若电泳结果出现1211bp的DNA条带,则待测杉木为无
性系开天3号。
所述EB染色为在含0.5μg/ml EB的水溶液中染色30分钟。
本发明的有益效果主要体现在:本发明检测方法与常规形态学检测相比,具有检测
时间短,准确性高的优点;本发明方法检测所需时间只要1~2天。
(四)附图说明
图1为对杉木无性系进行PCR扩增的结果;M:Marker,即DNA分子量标准;12:
开天3号;箭头所指为编号为12的杉木无性系开天3号扩增出的分子量为1211bp
的特殊DNA条带。
(五)具体实施方式 下面结合具体实施例对本发明进行进一步描述,但本发明的保护范围并不仅限于此: 实施例1: (1)以杉木幼嫩叶子提取基因组DNA,采用SDS-CTAB法,并使用DNA纯化试剂 盒(杭州博日科技有限公司)对提取的DNA进行纯化。纯化的基因组DNA先用1.5% 的琼脂糖凝胶电泳定性检测,再用DNA/RNA紫外分光光度计(GeneQuant Pro, GE Healthcare公司)定量检测。DNA提取物于-20℃冰箱贮藏备用。 (2)设计特异PCR扩增引物,引物对的序列为上游引物5′- TCGCCCAGTCGATCAGATAA-3′和下游引物5′-TCGCCCAGTCCACCCTCA-3′, 由上海生物工程技术有限公司合成。 (3)SCAR分子标记的PCR扩增:10×PCR Buffer 2μl,10mM dNTPs(dATP、dCTP、 dGTP、dTTP各10mM)3.2μl,25mM MgCl21.5μl,5U/μlTaq DNA酶 (杭州博日科技有限公司)0.5μl,25μM特异引物对各0.5μl,20ng/μl模板DNA 3μl, ddH2O补足至20μl。扩增反应在TC-XP型扩增仪(杭州博日科技有限 公司)上进行。94℃预变性6min后;94℃变性40s,63℃退火40s,72℃延伸2min, 共28个循环;最后于72℃补平7min,终止温度为4℃。 (4)电泳检测:取步骤(3)PCR扩增产物5ul,与1ul 0.25%溴酚兰缓冲液混匀,点样 于1.5%的琼脂糖凝胶上,于1×TAE缓冲液中,5V/cm电压下电泳,电泳结束后, 在含0.5μg/ml EB的水溶液中染色30分钟,然后在上海培清JS-380A自动凝胶图像 分析仪上照相。 按照上述方法,分别对多个杉木无性系(编号1~20代表杉木无性系依次为:1:龙 15号;2:湘5号;3:黔2号;4:福建1号;5:浙江15号;6:湘23号;7:湘 4号;8:浙江16号;9:湘3号;10:浙江5号;11:浙江13号;12:开天3号; 13:黔4号;14:浙江4号;15:湘1号;16:湘12号;17:浙江8号;18:浙 江14号;19:浙江7号;20:浙江2号)进行检测,电泳结果见图1。其中编号为 12的开天3号无性系,扩增出了分子量为1211bp的特殊DNA条带,其余编号为 其它杉木无性系,未见有1211bp的特殊DNA条带产生。
SEQUENCELISTING
<110> 浙江省林业科学研究院
<120> 鉴别杉木无性系开天3号的分子特异性标记引物及方法
<130>
<160> 2
<170> PatentInversion3.4
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> Unknown
<220>
<223> 人工序列
<400> 1
tcgcccagtcgatcagataa 20
<210> 2
<211> 18
<212> DNA
<213> Unknown
<220>
<223> 人工序列
<400> 2
tcgcccagtccaccctca 18
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