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参考文章:
MACS2 Call Peak 参数详细学习
用MACS2软件call peaks
MACS2为ATAC-seq callpeak
1. 软件说明:
macs2 callpeak --help
usage: macs2 callpeak -t TFILE # treat组
[-c [CFILE]] # control 或 mock(非特异性抗体,如IgG)组
# control:input DNA,没有经过免疫共沉淀处理;
# mock:1)未使用抗体富集与蛋白结合的DNA片段;2)非特异性抗体,如IgG
[-f] # MACS2读入文件格式,默认自动检测输入文件格式
[-g GSIZE] # 有效基因组大小(可比对基因组大小),人类hs,小鼠mm
[-s TSIZE] # 测序读长;如果不设定,MACS 利用输入的前10个序列自动检测
[--outdir OUTDIR] # MACS2结果文件保存路径
[-n NAME] # 为MACS2输出文件命名
[-B] # 保留the fragment pileup, control lambda, -log10pvalue 和 -log10qvalue scores到bedGraph 文件。
[-q QVALUE | -p PVALUE] # qvalue (minimum FDR)设定call significant regions的阈值;
# 默认,0.01,对于 broad marks(组蛋白修饰的chipseq),可以使用0.05;
# Q-values are calculated from p-values using Benjamini-Hochberg procedure.
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