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2024年3月10日发(作者:)
上海丰核信息科技有限公司
#软件工具#STITCH 化合物与蛋白质互作
STITCH数据库是一个用于检索已知的以及被预测的化合物和蛋白质之间互作关系的
平台。化合物与蛋白质之间的互作关系通过实验验证,数据库,以及文献中的研究被证实。
STITCH数据库中包含超过30,000的小分子化合物以及来自1133个物种的260万个蛋白
质之间的互作关系。STITCH数据库从分布在文献和多种生物学途径、药物靶点关系和结合
亲和力的数据库整合了小分子和蛋白质的相互作用。相互关系合并自BindingDB,
PharmGKB 和the Comparative Toxicogenomics数据库。结果网络可以交互式检索或
用于大规模分析的基础。今天我们就利用STITCH分析蛋白质互作关系,简要介绍工具的
使用方法。
首先下图是STITCH数据库的主界面。
图中提供了多种检索模式,包括提供化合物或蛋白名,结构信息,蛋白序列,以及多
个蛋白或化合物同时检索。同时下面organism提供了上千种物种可以选择,这里我们选
择人类homo sapiens,点击GO
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如图,input gene被逐个进行注释,可以观察每个基因对应的基因名,这里其实也间
接起到了ID转化的作用,可以很方便的获得input gene对应的蛋白名。接下来我们点击
continue
如图即为我们获得的基因之间的互作关系,不同的互作类型用不同颜色的边进行标注。
这些互作类型我们可以灵活的进行选择,只需在想要的互作关系后面点勾就可以了。
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