常用生物信息学软件

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2024年7月16日发(作者：)

常用生物信息学软件

一、基因芯片

1、基因芯片综合分析软件。

ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还

可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。

Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为

同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。

phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。

J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，

用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2

后(5.1M)后，才能运行。

2、 基因芯片阅读图像分析软件

ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包

括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。

3、 基因芯片数据分析软件

Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster）分析与其它各种处理的软

件。

SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软

件的插件，由Stanford大学编制。

4．基因芯片聚类图形显示

TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成

为了基因芯片处理的标准软件。

FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview

增强了某些功能。

5．基因芯片引物设计

Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工

具

三、序列综合分析

Vector NTI Suite 8.0 不喜欢装备各种专业性强的软件，而希望用一个综合性的软件代替

的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理（增

加、修改、查找），对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部

分分析可以通过在数据库中进行选定（数据）->分析->结果（显示、保存和入库）三步完成。

在分析主界面，软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作，

生成重组分子策略和实验方法，进行限制酶片段的虚拟电泳，新建输入各种格式的分子数据、

加以注释，输出高质量的图像。Vector NTI Suite还有以下独立的分析程序，完成相关分析。

这些独立的程序，可以通过选定->分析->结果三步调用。

l 3DMol－显示PDB格式分子的三维结构

l Align X－序列相似性比较

l Align Xblocks－序列局部完全相同比较

l ContigExpress－将小片段拼装成长序列

l GCGConverter－GCG格式文件转换成NTI的格式

l PubMed/Entrez Search－搜索PubMed、PDB、GenBank

l Back Translation－核酸->蛋白->核酸反向翻译的工具

l Matrix Editor－矩阵数据编辑

l Tools Manager－连接其他程序和网络连接的界面。分成Align、Analyze、Assemble、

Tools四部分。

DNAStar5.03 即著名的Lasergene Suite，由EditSeq MegAlign、GeneQuest MapDraw

PrimerSelect Protean SeqMan II七个模块组成，该软件的MegAlign模块，可以对多达64000

的片段进行拼装。整个拼装过程即时显示，并提示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策

略等方式显示。DNAstar是哈佛大学医学院是使用的序列分析软件，可见其功能强大。

Omiga 2.0实际上，大部分对核酸蛋白的序列分析功能，在Omiga 2.0中都能找到；而

且界面非常友好。Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件，它还兼有引物设计的功能。主

要功能：编辑、浏览、蛋白质或核酸序列，分析序列组成。用Clustal. W进行同源序列比较，

发现同源区。实现了核酸序列与其互补链之间的转化，序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及

转化为RNA链，以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。查找核酸限制性酶切

位点、基元（Motif）及开放阅读框（ORF），设计并评估PCR、测序引物。查找蛋白质解蛋

白位点（Proteolytic Sites）、基元、二级结构等。查寻结果可以以图谱及表格的显示，表格

设有多种分类显示形式。利用Mange快捷键，用户可以向限制性内切酶、蛋白质或核酸基

元、开放阅读框及蛋白位点等数据库中添加或移去某些信息。每一数据库中都设有多种查寻

参数，可供选择使用。用户也可以添加、编辑或自定义某些查寻参数。可从MacVectorTM、

Wisconsin PackageTM等数据库中输入或输出序列。另外，该软件还提供了一个很有特色的

类似于核酸限制酶分析的蛋白分析，对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。

DS gene : Omiga 2.0的换代产品，accelrys公司Discovery studio系列，accelrys公司的

insight II,GCG是业内蛋白分析和核酸分析的权威软件，DS gene 是GCG的个人机简版，功

能强大，而且可以直接与GCG服务器相连。由于受到vector NTI的界面影响，DS gene 与

Omiga 2.0相比界面有了很大的改变。

DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司（Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.）97

年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子生物学软件的常用功能，可进行

DNA，RNA，蛋白质序列的编辑和分析，甚至还能进行质粒作图、数据库查询等功能，足

可满足一般实验室的要求。在DOS时代，DNASIS 7等版本便是流传甚广并曾给过许多人

以帮助的分子生物学软件，因此我们有理由期待Win版的DNASIS 会带给我们惊喜。

DNASIS MAX 1.0 DNASIS 2.5的更新换代产品。综合序列分析软件，体积比上一个版本一

下膨胀了许多。界面风格也改变了很多。

DNATools 5.1 与Omiga, DNAsis, PCgene等软件属于同一类的综合性软件,操作简单功

能多。DNATools设计的用户友好、强壮，以便快速、方便地获取、贮藏和分析序列及数据

库查询获得的序列相关信息。DNATools包容性很好，能把几乎所有文本文件打开作为序列。

当程序不能辨别序列的格式时（通过寻找常用序列格式的特征），会显示这个文件的文本形

式，以便你编辑生成正确的蛋白质或DNA序列，编辑后可以再被载入程序。若你的序列是

本文标签： 分析软件序列