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2024年7月16日发(作者:)
常用生物信息学软件
一、基因芯片
1、基因芯片综合分析软件。
ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件,不仅可以进行图像分析,还
可以进行数据处理,方便protocol的管理功能强大,商业版正式版:6900美元。
Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品,该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为
同类产品中的佼佼者,相信arraypro也不会差。
phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。
J-express 挪威Bergen大学编写,是一个用JAVA语言写的应用程序,界面清晰漂亮,
用来分析微矩阵(microarray)实验获得的基因表达数据,需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2
后(5.1M)后,才能运行。
2、 基因芯片阅读图像分析软件
ScanAlyze 2.44 ,斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件,进行微矩阵荧光图像分析,包
括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式,可很容易地转化为任何数据库。
3、 基因芯片数据分析软件
Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇(Cluster)分析与其它各种处理的软
件。
SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写,微矩阵显著性分析软件,EXCEL软
件的插件,由Stanford大学编制。
4.基因芯片聚类图形显示
TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成
为了基因芯片处理的标准软件。
FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件,接收Cluster生成的数据,比Treeview
增强了某些功能。
5.基因芯片引物设计
Array Designer 2.00 DNA微矩阵(microarray)软件,批量设计DNA和寡核苷酸引物工
具
三、序列综合分析
Vector NTI Suite 8.0 不喜欢装备各种专业性强的软件,而希望用一个综合性的软件代替
的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理(增
加、修改、查找),对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部
分分析可以通过在数据库中进行选定(数据)->分析->结果(显示、保存和入库)三步完成。
在分析主界面,软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作,
生成重组分子策略和实验方法,进行限制酶片段的虚拟电泳,新建输入各种格式的分子数据、
加以注释,输出高质量的图像。Vector NTI Suite还有以下独立的分析程序,完成相关分析。
这些独立的程序,可以通过选定->分析->结果三步调用。
l 3DMol-显示PDB格式分子的三维结构
l Align X-序列相似性比较
l Align Xblocks-序列局部完全相同比较
l ContigExpress-将小片段拼装成长序列
l GCGConverter-GCG格式文件转换成NTI的格式
l PubMed/Entrez Search-搜索PubMed、PDB、GenBank
l Back Translation-核酸->蛋白->核酸反向翻译的工具
l Matrix Editor-矩阵数据编辑
l Tools Manager-连接其他程序和网络连接的界面。分成Align、Analyze、Assemble、
Tools四部分。
DNAStar5.03 即著名的Lasergene Suite,由EditSeq MegAlign、GeneQuest MapDraw
PrimerSelect Protean SeqMan II七个模块组成,该软件的MegAlign模块,可以对多达64000
的片段进行拼装。整个拼装过程即时显示,并提示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策
略等方式显示。DNAstar是哈佛大学医学院是使用的序列分析软件,可见其功能强大。
Omiga 2.0实际上,大部分对核酸蛋白的序列分析功能,在Omiga 2.0中都能找到;而
且界面非常友好。Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件,它还兼有引物设计的功能。主
要功能:编辑、浏览、蛋白质或核酸序列,分析序列组成。用Clustal. W进行同源序列比较,
发现同源区。实现了核酸序列与其互补链之间的转化,序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及
转化为RNA链,以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。查找核酸限制性酶切
位点、基元(Motif)及开放阅读框(ORF),设计并评估PCR、测序引物。查找蛋白质解蛋
白位点(Proteolytic Sites)、基元、二级结构等。查寻结果可以以图谱及表格的显示,表格
设有多种分类显示形式。利用Mange快捷键,用户可以向限制性内切酶、蛋白质或核酸基
元、开放阅读框及蛋白位点等数据库中添加或移去某些信息。每一数据库中都设有多种查寻
参数,可供选择使用。用户也可以添加、编辑或自定义某些查寻参数。可从MacVectorTM、
Wisconsin PackageTM等数据库中输入或输出序列。另外,该软件还提供了一个很有特色的
类似于核酸限制酶分析的蛋白分析,对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。
DS gene : Omiga 2.0的换代产品,accelrys公司Discovery studio系列,accelrys公司的
insight II,GCG是业内蛋白分析和核酸分析的权威软件,DS gene 是GCG的个人机简版,功
能强大,而且可以直接与GCG服务器相连。由于受到vector NTI的界面影响,DS gene 与
Omiga 2.0相比界面有了很大的改变。
DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司(Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.)97
年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子生物学软件的常用功能,可进行
DNA,RNA,蛋白质序列的编辑和分析,甚至还能进行质粒作图、数据库查询等功能,足
可满足一般实验室的要求。在DOS时代,DNASIS 7等版本便是流传甚广并曾给过许多人
以帮助的分子生物学软件,因此我们有理由期待Win版的DNASIS 会带给我们惊喜。
DNASIS MAX 1.0 DNASIS 2.5的更新换代产品。综合序列分析软件,体积比上一个版本一
下膨胀了许多。界面风格也改变了很多。
DNATools 5.1 与Omiga, DNAsis, PCgene等软件属于同一类的综合性软件,操作简单功
能多。DNATools设计的用户友好、强壮,以便快速、方便地获取、贮藏和分析序列及数据
库查询获得的序列相关信息。DNATools包容性很好,能把几乎所有文本文件打开作为序列。
当程序不能辨别序列的格式时(通过寻找常用序列格式的特征),会显示这个文件的文本形
式,以便你编辑生成正确的蛋白质或DNA序列,编辑后可以再被载入程序。若你的序列是
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