admin管理员组文章数量:1568431
2023年12月22日发(作者:)
Chinese
Journal
of
Forensic
Sciences,
2021,N%.1
Total
N$.114H定科学Forensic Science云南壮族人群15个STR基因座遗传多态性贾儒林,辛卩%,单迪(中国刑事警察学院
法医学系,辽宁
沈阳110854)摘 要:目的
对600个云南壮族人群15个常染色体短串联重复(short
tandem
repeat,STR)序列基因座的遗传多态性
进行调查,探讨云南壮族群体遗传学特性及在法医学中的应用价值%方法
使用AmpFLSTR®
Identifier!
Direct
PCR
扩增试剂盒对此地区600名壮族无关个体血样DNA进行PCR扩增,采用Modified
Powerstats软件计算等位基因频率
及法医学参数(观察杂合度、期望杂合度、个体识别率、多态信息含量),应用Arlequin
3.5软件检验各基因座Hardy-
Weinberg平衡及连锁不平衡,再比较其他群体的遗传距离%结果
云南壮族各基因座个体识别能力(DP)值分布在
0.7790〜0.9744之间,累计个体识别概率(CDP)达到0.999
999
999
999
999
99156,非父排除率值范围在0.2869〜0.7213,
云南壮族与贵州布依族、贵州侗族、广西毛南族、广西松佬族遗传距离比较接近%结论该试剂盒的15个STR基因座
在云南壮族人群中具有高度的多态性,可供法医学个体识别和亲权鉴定,亦可为群体遗传学种族迁徙、语言学语言分
区分、
学
探
中图分类号:DF795.4
基
性
数
%文献标志码:A
doi:
10.3969/.1671-2072.2021.01.008关键词:法医遗传学'遗传多态性;STR;云南壮族
文章编号:1671
-2072-
(2021)1
-0060-05Genetic
Polymorphism
of
15
Autosomal
STR
Loci in
the
Zhuang
Ethnic
Minorityfrom
Yunnan
Province・JIA
Rulin,
XIN
Yang,
SHAN
Di(Department
of
Forensic
Medicine,
Criminal
Investigation
Police
University
of China,
Shenyang
110854,
China)
Abstract:
Objective
To
investigate
the
genetic
polymorphisms
of
15
short
tandem
repeat
(STR)
loci
in
600
Yunnan
Zhuang
population,
and
to
explore
the
genetic
characteristics
of
Zhuang
population
in
Yunnan
and
its
application
value
in
forensic
science.
Methods
AmpFLSTR!
Identifiler
!
Direct
PCR
Amplification
Kit
was
used
for
PCR
amplification
of
blood
samples
from
600
Zhuang-independent
individuals
in
this
region.
Allele
frequencies
and
forensic
parameters
(observation
of
heterozygosity,
expected
heterozygosity,
individual
identification
Rate,
polymorphic
information
content)
were
calculated
using
Modified
Powerstats
software
,
using
Arlequin
3.5
software
to
test
the
Hardy-Weinberg
equilibrium
and
linkage
disequilibrium
of
each
locus,
and
then
compare
the
genetic
distance
of
other
groups.
Results
The
discriminative
power
(
DP)
values
of
various
Zyx
loci
in
Yunnan
were
distributed
between
0.7790
and
0.9744.
The
cumulative
individual
recognition
probability
(CDP)
reached
0.999
999
999
999
999
991
56.
The
non-parent
exclusion
rate
ranged
from
0.2869
to
0.7213.
The
genetic
distance
between
Yunnan
Zhuang
and
Guizhou
Buyi,
Guizhou
Yi,
Guangxi
Maonan
and
Guangxi
Dai
is
relatively
close.
Conclusion
The
15
STR
loci
of
this
kit
are
highly
polymorphic
in
Yunnan
Zhuang
population,
which
can
be
used
for
forensic
identification
and
paternity
identification.
It
can
also
be
used
for
group
genetics
ethnic
migration,
linguistic
branching,
and
sociological
customs.
whice
can
Provide
basic
research
ds:
forensic
genetics;
genetic
polymorphism;
STR;
Yunnan
ZhuangDNA指纹技术,又称为DNA分型技术,它的诞
生使法医工作者仅仅根据一个人的体液就能进行
血清酶型、血型和HLA等技术进行个体识别而无
法做出肯定结论的尴尬局面&随着现代分子生物技
术的快速发展,短串联重复序列(short
tandem
repeat,
个体识别,具有划时代的意义,摆脱了以往依赖于收稿日期:2018-12-28STR)分型技术的
一个时代的标点,直,在打击犯罪中
作者简介:贾儒林(1988-),男,助理实验员,主要从事法医动了
DNA犯罪信息数据库的发展&每年就有数以
检验及鉴定工作&
E-mail:****************。万计的DNA鉴定结论被法庭
-60
-
发挥着越来越重要的作用#此外,STR具有很高的
突变率,对于亲缘关系较近的群体来说,STR基因
座可以提供可靠的遗传信息#
STR的遗传变异不仅
会影响法医分型判断和结论的正确性,也为群体遗
传学提供了研究模型#因此,常染色体上的STR位
点被广泛的运用于人类群体遗传学研究中。本文对云南壮族人群15个常染色体STR基因
座的遗传多态性
,为法医学个体识别、亲权鉴定以及群体遗传学研究提供基 #1材料与方法1.1样品来源壮族
56个民族之一#壮族在中国的31个省、自治区、直辖市中有分,要聚居在南
方,
广东省
壮族瑶族自治县,西至云南省文山壮族苗族自治州,
省
南苗族族自治
,南
。据2010年
人口普查,该民族有1618万人口。壮族主要分布在西
南部(1),其中广西壮族自治区占87.77%,云南
省占7.07
%,广东省占3.52
%,贵州省占0.32
%,湖
南省占0.31%。壮族有本民族的语言——壮语,属
系壮
族壮傣语支#
1955年,党和人
:壮族人 了一
以
为基
的文——壮文叫,
云南
区壮族
关
性个体血滤纸样本600
。(红"区域为本研样区域,+占-族人0123
7.07%#
)图1壮族人群分布图中"司$%&
2021年第1期(总第114期)1.2
DNA提取、扩增及检测采用打孔器取1.2
mm直径血滤纸各1片。使用
AmpFLSTR®
Identifiler®
Direct
PCR
扩增
试剂盒(
"在GeneAmp
9700型扩增(
)上
#总体系为10
“L,内含5
p,L
master
mix及5
“L引物组。热循环
条件为
95
#
变性
11
min,(94
#
20
s,59
#
2
min,
72
#
1
min)26
个循环,60#延伸
25
min,4
#
保温#取1
^L
PCR产物与8.7
^L去离子甲酰胺、
0.3|!L
内标
GeneScan
500
LIZ
混匀
#
95
#变性
3
min
后,立即冰浴3
min。采用ABI
3130x1遗传分析仪
(
)
电泳分离。电泳参数:HIDFragment
Analysis
36_POP4_1
模式----3
kV
10 s
进样,15
kV
60
#
POP
®
-4
polymer
电泳。按
Dye
Set
E5模式收集处理五色荧光
。使用GeneMapper
ID
v3.2软件(美国赛默飞公
司)
基因分型。等位基因峰高阈值设置为
50RFUs。严格遵守际法庭科学遗传学会(International
Society
for
Forensic
Genetics,ISFG)
指南进
行DNA多态性分析及命名。男性标准品DNA007
和女性标准品DNA9947A(美国赛默飞公司)作为
质控的阳性对照,双蒸水作为阴性对照。1.3统计学处理采用Modified
Powerstats软件02吩别计算15个
STR基因座的等位基因频率(allele
frequency,AF)%
匹配概率(matching
probability,Pm
)
%个体识别能
力(discrimination
power,DP
)
%
多态性信息含量
(polymorphism
information
content,PIC)、非父排除率
(power
of
exclusion,
PE)、亲权指数(paternity
index,
PI)、观测值杂合度(observed
heterozygosity,Ho)及哈
迪温伯格平衡(Hardy-Weinberg
equilibrium,HWE)
检验等。使用Arlequin
3.5软件分
比较15个STR
基因座的群体遗传距离。2结果与讨论云南地区壮族600个样本15个STR基因座群
体遗传学参数和等位基因 频率见表1~2。-61
-
Chinese
Journal
of
Forensic
Sciences,
2021,N%.1
Total
N$.114表1云南壮族人群15个常染色体STR基因座群体遗传学参数
/
“小(n=600)P等位基因D8S1179PmDP0.96010.94610.9621PICPE3.0303PI0.8355He0.83500.8400100.03990.05390.03790.07460.12760.02560.14830.66550.67530.72130.57760.49560.18590.31990.6023D21S11D18S51133.12503.65850.802016780.83890.75940.67900.87140.64350.73450.86330.7883/0AD3S13580.92540.87240.97440.85172.36221.93553.65850.85870.49600.12320.74170.8633FGATH01187100.72130.43861.70450.70670.80670.77170.75670.73000.46360.03570.2315D5S818D13S3170.09380.07330.90620.92670.90690.88060.61150.54762.58622.18982.054880.76010.72480.68180.72820.53830.84330.8135D7S820CSF1P0D16S539980.09310.11940.52120.47620.92890.88731.85192.343896120.09380.22100.90620.77900.96320.95090.57450.28690.78670.59670.83830.83500.25190.96480.13560.9414TP0X1.2397D2S1338D19S4330.03680.04910.67203.09283.0303160.6655该人群15个STR基因座共检出157个等位基
因,其基因频率分布在0.0008-0.5592之间。除
云南壮族人群与11个国家或地区人群的15
个基因座比较结果,经过Bonferroni矫正显:与韩
国人冈和日本人国在14个基因座上具有显著的统计
学差异'<0.0033);与云南哈尼族同和纳西族问在13
D5S818外,各基因座基因型观察值与期望值经x2
检验,均符合
Hardy-Weinberg
平衡('>
0.05
$
%
FGA
为高多态性基因座(PIC
!
0.85$;D8S1179、D21S11、
个基因座上具有差异;与云南
族M7N在11个基因座
上具有差异;与云南族冏在9个基因座上具有差
D18S51、iWA、D5S818、D13S317、D7S820、D16S539、
D2S1338和D19S433为中高度多态性基因座(PIC
!0.70$;D3S1358、TH01、CSF1PO
和
TP0X
四个基
异;与云南
族问在8个基因座上具有差异;与贵州
布
族㈣和
族[11]在2个基因座上具有差异;与广南族M12N和
因座识别能力稍差%由表1可见,云南地区壮族人群15个STR基
族M12N未发现具有著的统计学差为上群体
异%
察,
的差异因座的Ho值分布在0.5967-0.8633之间,Pm值在
与系有一定的
问。云南壮族与
布依族、贵0.0256-0.2210之间,累计随机匹配概率(CMP)达到
&4410-18,DP
值分布在
0.7790-0.9744
之间,累
计个体识别概率(CDP)达到0.999
999
999
999
999
'州侗族、广西毛南族、
族遗传系壮
族;云南白族、哈近,四均
者均
分布%尼族、纳西族、藏族、彝族
,五表,991
56,PE值范围在0.2869-0.7213之间,累计非父
排除率(CPE)达到0.999
820
14%该扩增系统在云
系
族%
上
云南壮族与各民族之间的系符合地域及语系的
南地区壮族人群的法医学个体识别、亲子鉴定中有
高的
值%-62
-
中"司$%&
表2云南壮族人群15个S%R基因座等位基因及其频率分3
2021年第1期(总第114期)go。)D19S433D3S1358$TH01F$FD5S818$FD13S317$F0.00420.31000.15420.1692$F120.00170.00250.02836780.0958780.03257850.04760.012713140.32250.05420.00080.05420.20000.32839109109100.04510.20370.09960.07230.0863150.29080.320099.30.43250.04000.05420.1120.21670.11420.02500.28080.06750.0083100.25170.12170..2.00670.00060.07170.07300.00080.0008D7S8201516D8S1179$16CSF1P0vWAF17F0.29750.02750.11750.22830.20500.10920.01500.06660.0590F$F$$141818.49100.00080.185079100.01250.02750.24420.23500.38920.07586780.00080.00330.00060.04890.04440.20.11750.15920.13080.17.05580.30.01970.01330.15080.15750.130.39170.1792150.01500..00570.0.04170.00500.01580.002514D21S1127FGA0.0006D2S1338TPOX$D18S51FF$$F$161819F$F780.00080.55922728293030.2310.0008100.00170.00500.00080.03250.10210.01750.08500.06500.00.11580.02830.27500.26250.24580.06080.14170.1842200.05330.20580.098311120.01330.1.2220.15580.00420.02080.21580.17750.03670.05420.194231.20.08750.03170.15210.14670.01500.16422223D16S539$320.06580.043322.2F32.2332323.22424250.18080.05170.00750.0033680.00080.00420.00420.04500.01750.00670.14330.02330.078333.234.235.20.04250.00500..22830.09500.01580.013324.222232525.211120.29830.00420.00750.00580.04080.00250.01750.00420.27580.08580.01080..213140.注:A:等位基因;F:基因频率・63・
Chinese
Journal
of
Forensic
Sciences,
2021,N%.1
Total N$.1143结论云南壮族各基因座个体识别能力(DP)值分布
在0.7790-0.9744之间,累计个体识别概率(CDP)达
到0.99999999999999999156,非父排除率值范围
在0.2869-0.7213,云南壮族与贵州布依族、贵州侗
族、广西毛南族、广西J佬族遗传距离比较接近%该
试剂盒的15个STR基因座在云南壮族人群中具有
高度的多态性,可供法医学个体识别和亲权鉴定,
亦可为群体遗传学种族迁徙、语言学语言分支区
分、社会学风俗探究等提供基础性究
%参考文献:[1
]王希恩,何星亮.世界民族中国卷[M].北京:中国社会科
学出版社,2014.[2]
GUO F,
LI
J,
WEI
T,
et
al.
Genetic
Variation
of
17 Autosomal
STR
Loci
in
the
Zhuang
Ethnic Minority
from
Guangxi
Zhuang
Autonomous
Region
in
the
South
of
China
[J].
Forensic
Sci
Int
Genet,
2017(28):
51-52.[3
]
YOO
SY,
CHO
NS,
PARK
MJ,
et
al.
A
Large
Population
Genetic
Study
of
15
Autosomal
Short
Tandem
Repeat
Loci
for
Establishment
of
Korean
DNA
Profile
Database[J].
Mol.
Cells,
2011(32):15-19.[4
]
TIE J,
WANG
X,
OXIDA
S.
Genetic
Polymorphisms
of
15
STR
Loci
in
a
Japanese
Population卩].J.
Forensic
Sci,
2006(51):188-189.[5
]
HUANG
Y,
YAO
J,
LI
J,
et
al.
Population Genetic
Data
for
17
Autosomal
STR
Markers
in
the
Hani
Population
from
China[J].
Int.
J.
Legal
Med,
2015(129):
995-996.・64・[6] HE
Y,
CHEN
X,
DUAN
Y,
et
al.
Allele Frequencies
for
Fifteen
Autosomal
STR
Loci in
a
Nakhi
Population
from
Yunnan
Province
,
Southwest
China
[J].
Forensic
Sci.
Int.
Genet,
2016(21):
13-14.[7]
LI
Y,
HONG Y,
LI X,
et
al.
Allele
Frequency
of
19
Autosomal
STR
Loci
in the
Bai
Population
from
the
Southwestern
Region
of
Mainland China
[J].
Electrophoresis,
2015
(36):
2498-2503.[8
] ZHAI
D,
YANG J,
HUANG Y,
et
al.
The
Allele Frequency
of
15
STRs
Among
Three
Tibeto-Burman-speaking
Populations from
the
Southwest
Region
of
Mainland
China
[J].
Forensic
Sci. Int.
Genet,
2014(13):
22-24.[9
] LiIJ,
GUO
F,
HE
W,
et
al.
Allele
Frequencies
of
15
Autosomal
STR
Loci
in
the
Yi Ethnic
Minority
from Yunnan
Province
in
the Far
Southwest
of
China[J]. Forensic
Sci.
Int.
Genet,
2016(26):
23-24.[10]
ZHANG
L.
Population
Data
for
15
Autosomal
STR
Loci
in
the
Bouyei
Ethnic Minority
from Guizhou
Province,
Southwest
China[J].
Forensic
Sci.
Int.
Genet,
2015(17):
108-109.[11]
ZHANG
L.
Population
Data
for
15
Autosomal
STR
Loci
in
the
Dong
Ethnic
Minority
from
Guizhou
Province,
Southwest China[J].
Forensic
Sci.
Int.
Genet,
2015(16):
237-238.[12]
DENG
Q,
XU
L,
GONG
J,
et
al.
Genetic
Relationships
Among
Four
Minorities
in
Guangxi
Revealed
by
Analysis
of
15 STRs[J].
J.
Genet.
Genomics,
2007(34):
1072-1079.[13]
林子清,张茹,张健.新疆维吾尔族人群稀有基因型分析[J].
中国刑警学院学报,2017(6):114-116.(本文编辑:李成涛)
版权声明:本文标题:云南壮族人群15个STR基因座遗传多态性 内容由热心网友自发贡献,该文观点仅代表作者本人, 转载请联系作者并注明出处:https://www.elefans.com/dianzi/1703184229a43002.html, 本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌抄袭侵权/违法违规的内容,一经查实,本站将立刻删除。
发表评论