Linux下dcm2niix使用

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Linux下dcm2niix使用

安装连接：

直接按照readme安装即可。注意：如果是使用conda里的某一个环境安装的，那么dcm2niix命令只有再该环境下才起作用，每次使用时需要

conda activate yourEnvName

在终端输入dcm2niix就可以查看各个参数是什么意思，这里我用到的是-f -o ，分别用于覆盖原来的文件和将.nii.gz .json放到指定目录下。
使用dcm2niix有两种办法
1、在终端进行dcm2niix使用，这种办法需要在要进行.dcm转化的文件夹中打开终端使用即可，如果要指定路径、文件名则直接进行输入即可。
2、在python代码中使用dcm2niix
这种办法需要先import os ，再使用os.chdir(ogr_dir)命令讲当前的工作目录转化为.dcm文件所在的文件夹。
然后再使用os.system('dcm2niix -o {0} -z y -f {1} -w 1'.format(dist_dir, new_name))命令（因为我指定了目标路径并且我的目标路径是由字符串拼接得到的，所以不能在dcm2niix命令中直接使用dist_dir，即这样写是错误的：os.system('dcm2niix -o dist_dir -z y -f new_name')）