水体系的界面现象——Lammps与Gromacs计算结果对比"/>

仲辛醇/水体系的界面现象——Lammps与Gromacs计算结果对比

0 引言

 仲辛醇为无色有芳香气味的易燃油状液体. 低毒. 熔点- 38℃. 沸点178～179℃. 闪点88℃. 折射率1.4256. 相对密度0.835. 黏度(20℃)8.2mPa.s. 不溶于水，可溶于醇、醚及氯仿. 
 仲辛醇用作合成纤维油剂、消沫剂以及制取表面活性剂、煤矿用浮选剂和农药乳化剂的原料，也可作为油脂和蜡的溶剂. 

1 模型构建

 仲辛醇分子由Material Studio 2019软件构建，将PDB文件上传至ATB（Automated Topology Builder）ATB（Automated Topology Builder）经过量子力学计算优化后的几何结构用于本次模拟计算.

 仲辛醇分子的结构信息（2-Octyl.XYZ）

272-Octyl generated by VMDH         2.477000        2.122000        0.614000O         3.095000        1.680000        0.012000C         3.050000        0.277000        0.295000H         3.955000       -0.143000       -0.160000H         3.116000        0.101000        1.381000C         1.812000       -0.437000       -0.277000H         1.808000       -0.247000       -1.361000C         1.949000       -1.951000       -0.047000H         1.137000       -2.508000       -0.524000H         1.930000       -2.188000        1.025000H         2.894000       -2.329000       -0.457000C         0.512000        0.138000        0.316000H         0.485000       -0.076000        1.396000H         0.536000        1.233000        0.216000C        -0.784000       -0.368000       -0.336000H        -0.746000       -0.167000       -1.417000H        -0.858000       -1.459000       -0.229000C        -2.044000        0.277000        0.258000H        -2.094000        0.051000        1.334000H        -1.965000        1.372000        0.180000C        -3.345000       -0.182000       -0.415000H        -3.308000        0.073000       -1.485000H        -3.413000       -1.278000       -0.365000C        -4.599000        0.436000        0.213000H        -5.510000        0.107000       -0.303000H        -4.567000        1.532000        0.168000H        -4.693000        0.150000        1.269000

 本次研究仲辛醇/水体系，采用模拟盒子，其中包括60个仲辛醇分子和11254个水分子，采用PackmolPACKMOL软件包进行模型构建.

 PACKMOL模型构建代码（model.inp）

tolerance 2.0
filetype pdb
output model.pdbstructure water.pdbnumber 11254inside box 0. 0. 0. 100. 60. 60.
end structurestructure 2-Octyl-alcohol.pdbnumber 60inside box 0. 0. 0. 100. 60. 60.
end structure

 采用SPC/E水模型，首先对体系进行能量最小化 ，减少分子间的不合理重叠现象，消除应力. 接下来将模拟盒子扩大至，即沿X轴正负方向各扩展5 nm. 在NVT正则系综下运行10ns，观察表面活性剂/水体系是否产生表面现象.

2 结果与讨论

未完待续

2020/5/13