单细胞水平解析结直肠癌肝转移的空间免疫图谱

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单细胞水平解析结直肠癌肝转移的空间免疫图谱

高通量测序方法：单细胞测序，空间转录组测序，转录组测序

样本设置：13例未治疗病例的54个样本，6例新辅助化疗有疗效病例的30个样本，5例新辅助化疗无疗效病例的13个样本，共计89个样本，进行单细胞测序；2个新辅助化疗有疗效病例的结直肠癌和肝癌组织共4个样本和2个新辅助化疗无疗效病例的结直肠癌和肝癌组织共4个样本，共计8个样本，进行空间转录组测序；430个病例的单细胞测序

取样部位：结直肠癌的癌和癌旁组织；肝转移的癌和癌旁组织；淋巴组织，PBMC

研究思路

主要研究结果

1、单细胞测序和空间转录组测序准确量化结直肠癌肝转移的免疫细胞

对20个病例的89个样本进行单细胞测序，共捕获178,630个CD45+细胞，鉴定到髓系细胞，CD8+ T细胞，CD4+ T细胞，NK细胞和B细胞等几大类。其中，T细胞在不同组织类型里不同类别细胞的比例差异较大，显示了组织间的免疫异质性。通过4个病例的8个样本的空间转录组测序，并结合单细胞测序结果，可量化不同免疫细胞亚群。在未治疗的样本中，CD8+ T细胞在结直肠癌和肝转移的样本中，均有高度富集。经新辅助化疗治疗的样本，肿瘤区域减少。空间转录组测序整合单细胞测序分析，可以在空间范围内定量呈现不同系吧类别的比例和空间分布，为解析空间范围的免疫微环境提供更全面的数据。

2、MRC1+ CCL18+ 巨噬细胞在转移肿瘤中高度富集

作者随后分析了各类免疫细胞在各个组织中的相对含量，显示不同部位