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CADD药物设计专题干货总结
PDB 数据库使用、蛋白结构分析、同源建模\Autodock分子对接、虚拟筛选、蛋白-蛋白相互作用预测\构效关系分析、基于碎片药物设计等专业技术
生物分子互作基础 | 1.生物分子互作用研究方法 1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理 1.2 分子对接研究生物分子相互作用 1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用 |
蛋白数据库 | 1. PDB 数据库介绍 1.1 PDB蛋白数据库功能 1.2 PDB蛋白数据可获取资源 1.3 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性 2.PDB 数据库的使用 2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载 2.2 靶点蛋白结构序列下载 2.3 靶点蛋白背景分析及相关数据资源获取途径 2.4 批量下载蛋白晶体结构 |
蛋白结构分析 | 1. Pymol 软件介绍 1.1 软件安装及初始设置 1.2 基本知识介绍(如氢键等) 2.Pymol 软件使用 2.1蛋白小分子相互作用图解 2.2 蛋白蛋白相互作用图解 2.3 蛋白及小分子表面图、静电势表示 2.4蛋白及小分子结构叠加及比对 2.5绘相互作用力 2.6 Pymol动画制作 3.实例讲解与练习: (1)尼洛替尼与靶点的相互作用,列出相互作用的氨基酸,并导出结合模式图 (2)制作结合口袋表面图 |
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