CADD药物设计以及Gromacs分子动力

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CADD药物设计以及Gromacs分子动力

当今，随着人类基因组计划的完成、蛋白组学的迅猛发展，以及大量与人类疾病相关基因的发现，药物作用的靶标分子急剧增加；计算机辅助药物设计是通过计算机模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的关系，设计和优化先导化合物的方法；在计算机技术推动下，现在每项有一定规模的新药研究工作中，计算机辅助药物设计的研究都是一个基本的工作，世界上每一个大的制药公司都在使用计算机技术，致力发展该技术，应用前景十分广阔。
分子动力学模拟软件GROMACS的应用广泛、功能强大、用户友好，能够满足几乎所有常见的原子体系模拟需要，而且免费开源。采用GROMACS进行分子动力学计算分析从而指导进一步的实验工作，预测理论结果。不论你从事计算化学，生物医学或其他领域研究,理解并实践分子模拟都能给你一些新的的思考方式，增强你对新问题的分析力与洞察力。

专题一药物设计：
1.生物分子互作用研究方法
2. PDB 数据库
3. Pymol 软件
4. Swiss-Model 同源建模
5. ChemDraw软件
6. 小分子数据库
7.分子对接软件（Autodock或薛定谔) 使用
半柔性对接、柔性对接
8.分子对接用于虚拟筛选
9.预测蛋白-蛋白相互作用（ZDOCK）
10. 3D-QSAR模型构建（Sybyl软件）
11.基于碎片药物设计
由我不是药神Bcr/Abl靶点、抗新冠病毒药物靶点两大案例贯穿
专题二gromacs分子动力学：
1 分子模拟基础理论
2 GROMACS程序入门
3 不同生物体系建模
4 模拟结果分析
5 水溶性蛋白质分子动力学模拟
6 分子动力学结果分析
7 蛋白质结合自由能计算（伞形采样法为例）
8 生物膜磷脂双分子层生物膜、膜蛋白等建模
9 Martini粗粒化力场–可溶性蛋白模拟
10 药物分子开发溶剂筛选
SCI论文复献