Gene id 转换(四种基因各种id转换方法)

四种基因各种id转换方法)"/>

Gene id 转换(四种基因各种id转换方法)

对于这四种方法的使用参数在代码里面写了，你可以看看

先把基因集对应的注释包安装了，并且加载出来
查找对应的注释包请看：

library(org.Hs.eg.db)#这个是属于注释包，每个基因集可能对应的注释包不一样，要从基因集所在的平台找到对应的注释包，然后从bioconductor获取安装。

基因集准备

data(geneList, package="DOSE")
gene <- names(geneList)[abs(geneList) > 2]
head(gene)

结果是

'4312' '8318' '10874' '55143' '55388' '991'

第一种方法

安装clusterProfiler包，bitr转换ID函数属于这个包

source(".R")
options(BioC_mirror="/")
biocLite("clusterProfiler")

library("clusterProfiler")
gene.df <- bitr(gene, fromType = "ENTREZID", #fromType是指你的数据ID类型是属于哪一类的toType = c("ENSEMBL", "SYMBOL"), #toType是指你要转换成哪种ID类型，可以写多种，也可以只写一种OrgDb = org.Hs.eg.db)#Orgdb是指对应的注释包是哪个
head(gene.df)

第二种方法

library(AnnotationDbi)
mySymbols <- mget(gene,org.Hs.egSYMBOL, #这个是可以选择的，选择不同，转换的ID类型也不一样ifnotfound=NA)
转换成Symbol ID
head(mySymbols)
class(mySymbols)

第三种方法

geneIDselect <-select(org.Hs.eg.db, #.db是这个芯片数据对应的注释包keys=gene,columns=c("SYMBOL","ENSEMBL","GENENAME"), #clolumns参数是你要转换的ID类型是什么，这里选择三个。keytype="ENTREZID" )#函数里面的keytype与keys参数是对应的，keys是你输入的那些数据，keytype是指这些数据是属于什么类型的数据。 
head(geneIDselect)

第四种方法

gene <-mapIds(org.Hs.eg.db, #.db是这个芯片数据对应的注释包keys=gene,column="SYMBOL", #clolumns参数是你要转换的ID类型是什么，只能选择一个。keytype="ENTREZID" )#函数里面的keytype与keys参数是对应的，keys是你输入的那些数据，keytype是指这些数据是属于什么类型的数据。 
head(geneIDselect)

第5种方法

annotate::getEG() #有空再写吧