课程学习(7)"/>
CADD课程学习(7)
CADD课程学习(7)-- 模拟靶点和小分子相互作用 (柔性对接 AutoDock)
半柔性对接VS柔性对接
半柔性
- A utodockTools配体、受体文件准备:
①删水加H原子、加电荷、合并非极性氢、设置配体可旋转键;
②保存lig.pdbqt和rec.pdbqt; - AutoGrid格点计算:
①选择rec.pdbqt,设置探针原子类型,设置盒子大小和位置;
②保存dock.gpf运行AutoGrid程序计算格点,输出dock.glg; - AutoDock对接计算:
①选择lig.pdbqt和rec.pdbqt,设置构象搜索;
②保存dock.dpf,运行AutoDock程序计算格点,输出dock.dlg;
柔性 - Autodock Tools配体、受体文件准备:
①删水加H原子、加电荷、合并非极性氢、设置配体可旋转键;
②保存lig.pdbqt、rec rigid.pdbqt和rec_flex.pdbqt; - AutoGrid格点计算:
①选择rec_rigid.pdbqt,设置探针原子类型,设置盒子大小和位置;
②保存dock.gpf,运行AutoGrid程序计算格点,输出dock.glg;工 - AutoDock对接计算:
①选择lig.pdbqt、rec rigid.pdbqt和rec_flex.p
更多推荐
CADD课程学习(7)
发布评论