如何依照靶点名称,找到chembl数据库中的相关实验数据

数据库中的相关实验数据"/>

如何依照靶点名称,找到chembl数据库中的相关实验数据

chembl提供了API(chembl_webresource_client)可以用来获取数据
安装一下:

pip install chembl_webresource_client

废话少说,上代码:

import pandas as pd
from chembl_webresource_client.new_client import new_client
import argparseparser = argparse.ArgumentParser(description="get chembl activities infomation of a special target")
parser.add_argument('--gene_name',  '-g' , required=True, type=str,  help='gene name of a interestd target ') 
parser.add_argument('--output',  '-o' , required=True, type=str,  help='output file path(csv)')   
args = parser.parse_args()
gene_name =  args.gene_name
output = args.outputdef activities(gene_name,out_file):"""    Parameters----------gene_name : strthe name of target out_file : TYPEoutput file pathReturns-------None."""target = new_client.targetactivity = new_client.activityparp = target.search(gene_name)[0]parp_activities = activity.filter(target_chembl_id=parp['target_chembl_id'])df = pd.DataFrame(parp_activities)df.to_csv(out_file,index=False)activities(gene_name,output)

使用方式是 xxx.py -g 基因名 -o 输出文件路径(csv)