Moltemplate建模

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Moltemplate建模

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功能介绍

    Moltemplate是LAMMPS官方支持的建模工具之一，适用于LAMMPS建模。该程序创建了一种简单的文件格式来存储分子定义和力场，即模板LT。LT文件包含与特定分子有关的所有文本（包括坐标，键拓扑，角度，力场参数，约束，组和修复）。

    Moltemplate可以复制分子，对其进行自定义，然后用它作为构建更大、更复杂分子的基础。构建后，可以自定义单个分子和亚基（原子和键，以及可以插入、移动、删除和/或替换子单元）。Moltemplate支持所有LAMMPS力场样式以及几乎所有原子样式。

    Moltemplate被设计用于粗粒化模拟。要实现全原子模拟，可以使用ATB服务（）下载适应于目标分子的LT文件，或手动创建LT文件。

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水盒子构建

    构建水分子盒子，我们需要准备单个水分子的IT文件，来储存水分子对应的力场和结构信息，然后就需要确定对应的水盒子大小以及单个水分子沿三个方向复制平移的距离。

    在本示例中，我们水分子选用了SCPE模型，力场参数如下：

pair_coeff   lj/cut/coul/long   0.1553  3.166 pair_coeff   lj/cut/coul/long   0.0     0bond_coeff    harmonic           1000.0  1.0 angle_coeff   harmonic           1000.0  109.47

    单个水分子的IT文件如下（spce.lt）：

# file "spce.lt" 
#
#    H1     H2
#      \   /
#        O
SPCE {write_once("In Init") {# -- Default styles (for solo "SPCE" water) --#定义了in文件中的一些基本设置units        realatom_style   full# (Hybrid force fields were not necessary but are used for portability.)pair_style   hybrid lj/cut/coul/long 9.0bond_style   hybrid harmonicangle_style  hybrid harmonickspace_style pppm 0.0001pair_modify  mix arithmetic}write("Data Atoms") {#data文件中Atoms的信息#                        电荷      x          y        z$atom:O  $mol:. @atom:O -0.8476  0.0000000 0.00000 0.000000$atom:H1 $mol:. @atom:H  0.4238  0.8164904 0.00000  0.5773590$atom:H2 $mol:. @atom:H  0.4238  -0.8164904 0.00000 0.5773590}write_once("Data Masses") {#data文件中不同种类原子的质量@atom:O 15.9994@atom:H 1.008}write("Data Bonds") {#定义不同bond的原子连接方式$bond:OH1 @bond:OH $atom:O $atom:H1$bond:OH2 @bond:OH $atom:O $atom:H2}write("Data Angles") {#定义不同Angle的原子连接方式$angle:HOH @angle:HOH $atom:H1 $atom:O $atom:H2}write_once("In Settings") {bond_coeff   @bond:OH         harmonic           1000.0  1.0 angle_coeff  @angle:HOH       harmonic           1000.0  109.47pair_coeff   @atom:O @atom:O  lj/cut/coul/long   0.1553  3.166 pair_coeff   @atom:H @atom:H  lj/cut/coul/long   0.0     0group spce type  @atom:O  @atom:Hfix fShakeSPCE spce shake 0.0001 10 100 b @bond:OH a @angle:HOH# (Remember to "unfix" fShakeSPCE during minimization.)}} # end of definition of "SPCE" water molecule type

    水盒子的IT文件如下（water_box.lt）：

import "spce.lt" #读入单个水分子的LT文件# --------------- water ------------------
# Create a rhombohedral box of water. (A rectangular box works also.)
# 将单个水分子延三个方向复制平移
wat  =  new SPCE  [18].move(3.333,0,0)[16].move(0,2.5,0)[11].move(0,0,3.6363)
# Optional: Center the water box at the origin. (Not really necessary.)
# wat[*][*][*].move(50, 50, 50)

    在终端输入moltemplate.sh water_box.lt

    在文件夹中有以下这些文件，.data就是水盒子的data文件。

--荐号--

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