建模(二)"/>
Modeller建模(二)
此篇对应官网教程第二个实例:advanced-example.zip,共三个大部分:多模版建模、loop优化、基于配体的优化。搜模版、选模版步骤与单模板建模相似,这里不再赘述——2mdh、1bdm、1b8p最合适。
多模板建模的好处是有多个同源蛋白序列,在同源性的基础上,通过对比多样性的序列结构可以发现相对更保守的区域,在模版对齐这一步有较大贡献。
1. 多模版建模
1.1 模版间的对齐(salign.py)
没啥可以说的,如果做别的项目,换掉输入的蛋白名跟链编号就行了,输出文件名大可不必改。
此时需要注意一点:如果做别的项目时,需要对齐模版间的多条链(即需要对多条链建模)则需要通过以下代码实现(我为了解释,在原来文件上改的,现实中这三个蛋白可能没有四条链):
ABCD:分别对应四条链
chain[0]跟chain[-1]:chain是一个字符串参数,[0]表示这个字符串的第一个字符,即“A”,[-1]表示这个字符串的最后一个字符,即“D”。整行代码就是在说:只要模板中从A链起,到D链结束的部分。
1.2 把序列对齐模版(align2d_mult.py)
没啥可说的,运行就是了。
初学者不必关心的一条: “gap_function=ture”这个参数注释是:使用结构相关的缺口惩罚函数,对于salign这一步很重要,要得到一个更理想的
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