python计算化学键

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python计算化学键

前言

人类到目前为止成功的合成了大量的化合物。同时围绕这些合成的化合物，我们进行过大量的实验来测量他们的各种化学性质，累积了大量的知识与经验。随着计算机的发展，将这些先人的知识与经验进行相关的整理之后便有了化学信息的数据库。本文将介绍收集了这样的化学信息的其中的一个数据库Pubchem。之后我们使用python来完成pubchem的一些基本操作。

2. 什么是Pubchem？

Pubchem是NCBI(美国国家生物技术信息中心)自2004年以来开始运营和管理的大型化合物数据库，主要收录了原子数量在1000以下以及化学键在1000各以下相对较小的分子数据。Pubchem里的数据主要分成三个类别，可以在以下网址查看:The PubChem Project​pubchem.ncbi.nlm.nih.gov

Compound: 化合物单质的数据，收集的数量大约9390万种化合物单质

Substance: 混合物的数据，2360万种混合物数据

BioAssay: 收录了125个生物活性数据

PubChemPy是一个可以让我们通过python来自由使用pubchem中相关化合物数据的python库。

2.1 第一步 安装PubChemPy

官方推荐使用pip来安装PubChemPy，我们打开terminal 输入:

pip install pubchempy

之后启动jupyter notebook导入pubchem的相关模块:

import pubchempy as pcp

我们可以通过化合物的英文名，分子式，SMILES(Simplified molecular input line entry specification, 简化分子线性输入规范)&#x