关于各种转录因子的数据库

转录因子的数据库"/>

关于各种转录因子的数据库

1 、 TRANSFAC （ .html#transfac）

德国生物工程研究所开发的   TRANSFAC   数据库是关于转录因子、它们在基因组上的结合位点和与   DNA   结合的   profiles   的数据库。由   SITE   、   GENE   、 FACTOR   、   CLASS   、   MATRIX   、   CELLS   、   METHOD   和   REFERENCE   等数据表构成。此外，还有几个与   TRANSFAC   密切相关  的扩展库： PATHODB   库收集了可能导致病态的突变的转录因子和结合位点；   S/MART DB   收  集了与染色体结构变化相关的蛋白因子和位点的信息； TRANSPATH   库用于描述与转录因子  调控相关的信号传递的网络； CYTOMER   库表现了人类转录因子在各个器官、细胞类型、生  理系统和发育时期的表达状况。 TRANSFAC   及其相关数据库可以免费下载，也可以通过   Web   进行检索和查询。   TRANSFAC   数据库始建于   1988   年，采用关系数据库模式，用表格存放数  据。 1997   年起，基于   Web   的版本开始上网，目前，该数据库正在进一步开发，如构建各种转  录因子在不同细胞组织中的表达特异性数据库等。（）

2   、 EPD （/）

是真核基因启动子数据库，提供从   EMBL   中得到的真核基因的启动子序列，目标是帮助实验研究人员、生物信息学研究人员分析真核  基因的转录信号。现有 1500   多个启动子序列数据，按照层次式方式组织数据。关于启动子  的描述信息直接摘自科学文献，因而相对独立于 EMBL   。  该数据库所有的启动子均经过一系列的实验证实：如是否为真核 RNA   聚合酶   Ⅱ   启动  子、是否在高等真核生物中有生物学活性、是否与数据库中的其他启动子有同源性等等。 EPD   与其他的相关数据库也建立了相关链接，如   EMBL   、   SWISS-PROT   、   TRANSFAC   等。  在最新版本第 76   版本中，   EPD   将收集的启动子分为六大类：植物启动子、线虫启动子、  拟南芥启动子、软体动物启动子、棘皮类动物启动子和脊椎动物启动子。共 2997   个条目，  其中脊椎动物中的人类启动子有 1871   个，约占总数的   62%   。   EPD   是目前唯一的一个实验证实启动子数据库，所以是各种预测软件的评论手段之一。

3   、 SCPD （/）酵母启动子数据库（The Promoter Database of Saccharomyces cerevisiae ）

提供   6000   余  条酵母基因和 ORF   以及相关的调控元件和转录因子数据。在   SCPD   中列有酵母菌的   256   个转  录因子，目前已经可以借助基因表达分析来搜寻基因的调控位置。 Roth   等人及   Hughes   等人针  对有类似基因表现图谱的基因启动子位置，寻找统计上经常出现的 DNA   序列，发现   3311   个   DNA motif   ，经归类后有近   400   个   DNA motif   。由于一个基因的启动子区域经常含有一个以上  的不同的 DNAmotif   ，并且无法知道哪些   DNAmotif   必须同时与转录因子结合进而促进基因表  达。 Pilpel   等人设计了一种称作基因表达一致性分数（   Expression Coherence Score   ）的度量，  做法是先收集酵母菌全部在启动子区域上拥有某种特殊 DNA motif   组合的基因，接下来计算  酵母菌在不同生理状况下基因表现的相关性（即 Expression Coherence Score   ），如果相关系数 高，则可以推测出此种 DNAmotif   的特殊组合对基因表达进行调控。

4   、 TRRD （/）

转录调控区数据库（   Transcription RegulatoryRegions Database   ）  是在不断积累的真核生物基因调控区结构－功能特性信息基础上构建的。每一个 TRRD 的条目里包含特定基因各  种结构－功能特性：转录因子结合位点、启动子、增强子、静默子、以及基因表达调控模式等。 TRRD   包括五个相关的数据表： TRRDGENES(   包含所有   TRRD   库基因的基本信息和调控  单元信息 )   ；   TRRDSITES(   包括调控因子结合位点的具体信息   )   ；   TRRDFACTORS(   包括   TRRD   中与各个位点结合的调控因子的具体信息   )   ；   TRRDEXP(   包括对基因表达模式的具体描述   )   ；   TRRDBIB(   包括所有注释涉及的参考文献   )   。   TRRD   主页提供了对这几个数据表的检索服务。

5.JASPAR /

JASPAR  是收集有关转录因子与   DNA  结合位点模体   (motif)   的最全面的公开的数据库   ,  该数据库是由哥本哈根大学   (University of Copenhagen)   负责日常数据更新维护工作。   JASPAR  数据库中所包含的数据   ,  都经过严格筛选   ,  有确切的实验依据   ,  通过计算机辅助软件进行整合识别匹配并用生物学手段进行注释。   JASPAR  中的数据是完全公开的   ,  用户可以通过主页对数据库进行直接访问。网站在最新一次更新中对   JASPAR_CORE  根据物种分成   5  类   ,  即脊椎动物门   (Vertebrata)  、线虫纲   (Nematoda)  、昆虫纲   (Insecta)   、植物界   (Plantae)   和真菌界   (Fungi),  以及根据结构归类   ,  用户可以清晰地在主页上找到相应链接。网站还提供了根据序列号   (ID)   、物种等特性进行的搜索   ,  还可以直接浏览   数据库的内容。同时   ,  用户通过主页可以下载   JASPAR  中的数据到自己的电脑上。与同领域相似数据库相比   , JASPAR  是一个非冗余的数据   库   ,  数据来源经过严格筛选   ,  并且对所有数据提供免费下载   ,  并有相应软件配套使用。但是相对于   TRANSFAC  等其他数据库   , JASPAR  所包   含的数据量比较小   ,  用户可以根据需要选择相应的数据库   .