高速下载 EBI NCBI 测序数据（SRA，Fastq等）

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高速下载 EBI NCBI 测序数据（SRA，Fastq等）

文章目录

• • • 一、测试环境及工具
    • 二、Conda 方式安装 Aspera
    • 三、传统方式安装 Aspera
    • 安装及配置
    • • • 1. 解压
        • 2. 安装
        • 3. 配置许可
        • 4. 配置程序环境变量
        • 5. 配置秘钥
    • 四、测试
    • • • 1. 一个例子
        • 2. 常用参数介绍
        • 3. 下载地址的构建
        • 4. EBI查询整个项目的资源文件
        • 6. 查看下载链接
    • 五、为什么这里要建议选EBI，而不用NCBI？

一、测试环境及工具

• Linux（Ubuntu 18.04.1）
• Aspera （Aspera Connect version 3.9.9.177872）

Aspera 适用于所有的 Linux 版本，可以按步骤测试在CentOS，Fedora等其他 Linux 发行版的效果

二、Conda 方式安装 Aspera

conda install -y -c hcc aspera-cli

这里需要安装Conda (这是一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件，重要的是可以解决软件依赖问题) ： Conda 安装使用图文详解

三、传统方式安装 Aspera

官网下载：

csdn下载：

wget 下载：wget .9.9/ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.tar.gz

安装及配置

1. 解压

tar -zxvf ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.tar.gz

2. 安装

./ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.sh

3. 配置许可

sudo cp ~/.aspera/connect/etc/aspera-license /usr/local/bin/

4. 配置程序环境变量

vim ~/.bashrc

在末尾加上你的aspera所在目录

export PATH="/home/baimoc/.aspera/connect/bin:$PATH"

立马生效

source ~/.bashrc

5. 配置秘钥

新建配置目录

mkdir /home/baimoc/.aspera/config/

复制到配置目录

cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh /home/baimoc/.aspera/config/

四、测试

1. 一个例子

ascp -QT -L /home/baimoc/logs -l 100M -P33001 -i /home/baimoc/.aspera/config/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR689/SRR689233/SRR689233_1.fastq.gz ./out_path

2. 常用参数介绍

3. 下载地址的构建

EBIera-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/ERA012/ERA012008/sff/library08_GJ6U61T06.sff

NCBI：anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR507/SRR5077625/SRR5077625.sra

可以看到最关键的前缀是：era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:或anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:

4. EBI查询整个项目的资源文件

6. 查看下载链接

提取对应列，即可下载相应的资源文件

五、为什么这里要建议选EBI，而不用NCBI？

这个是在 NCBI 下载时的链接及提示：

简单来说就是：

• 现在NCBI正在将数据传输至亚马逊云 AWS 和 谷歌云 GS
• 美国境内服务器免费，其他的服务器收费，用户自己掏钱
• 由于正在迁移，所以NCBI也不保证数据的完整性
• 虽然也提供了免费的链接，但是实测速度奇慢无比