使用Aspera从NCBI或EBI高速下载数据

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使用Aspera从NCBI或EBI高速下载数据

使用Aspera从NCBI或EBI高速下载数据

1. Aspera简介

Aspera提供了大文件高速传输方案，适合于大数据的传输。客服端的使用是免费的。

2. Aspera下载和安装

Aspera下载网页： /。

$ wget .5.1.92523-linux-64.tar.gz
$ tar zxf aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.tar.gz
$ sh aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.sh
$ echo 'PATH=$PATH:~/.aspera/connect/bin/' >> ~/.bashrc
$ source ~/.bashrc
$ ascp --help软件安装在 ~/.aspera/connect/ 目录下。

3. Aspera 的使用

例子，使用 Aspera 高速下载 NCBI或 EBI 上的数据：

$ ascp -T -l 200M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \--host=ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov --user=anonftp --mode=recv \/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/ERR/ERR105/ERR105009/ERR105009.sra ./
$ ascp -T -l 200M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/ERR/ERR105/ERR105009/ERR105009.sra ./$ ascp -T -l 200M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \--host=fasp.sra.ebi.ac.uk --user=era-fasp --mode=recv \/vol1/fastq/ERR105/ERR105009/ERR105009_1.fastq.gz ./
$ ascp -T -l 200M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR105/ERR105009/ERR105009_1.fastq.gz ./

Aspera 的用法和简单参数：

Aspera的用法：
$ ascp [参数] 目标文件 目的地址Aspera的常用参数：
-T不进行加密。若不添加此参数，可能会下载不了。
-i string输入私钥，安装 aspera 后有在目录 ~/.aspera/connect/etc/ 下有几个私钥，使用 linux 服务器的时候一般使用 asperaweb_id_dsa.openssh 文件作为私钥。
--host=stringftp的host名，NCBI的为ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov；EBI的为fasp.sra.ebi.ac.uk。
--user=string用户名，NCBI的为anonftp，EBI的为era-fasp。
--mode=string选择模式，上传为 send，下载为 recv。
-l string设置最大传输速度，比如设置为 200M 则表示最大传输速度为 200m/s。若不设置该参数，则一般可达到10m/s的速度，而设置了，传输速度可以更高。