使用R包rain检测基因表达的生物节律

编程入门行业动态更新时间:2024-10-19 00:22:34

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本篇简介一个R包，rain，该包使用非参数方法来检测时间序列中的节律性，常用在基因组、转录组、蛋白质组或代谢组等生物测量数据中分析生物节律（例如昼夜节律或细胞周期）。此外，该方法还能够处理异常值、缺失值，并对包含10-100个测量值的时间序列进行优化。

以rain包的内置数据集“menetRNASeqMouseLiver”为例作演示，该数据集来自于一项对小鼠昼夜节律转录调控的研究。小鼠饲养在12h光照/12h黑暗的24h周期中，饲养一段时间后，每隔4h取样一次，通过高通量测序获得的小鼠肝脏基因表达谱的时间序列。

#安装 rain 包
#install.packages('BiocManager')
#BiocManager::

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本文发布于:2024-02-16 20:17:28，感谢您对本站的认可！

节律基因生物 rain

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