从NCBI测序数据下载，相关软件安装，到FastQC使用

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从NCBI测序数据下载，相关软件安装，到FastQC使用

1. 从ncbi下载测序数据

SRA链接：
检索所需的项目，这里以Whole genome sequencing of ExPECs (SRR24129389)为例。

wget -c -t 0 -O ./SRR24129389.sra  
# -c -t 配合使用可以防止下载数据的过程中链接中断的问题
# -O则可以指定下载路径和文件名。

2. 安装sratoolkit

方法1

NCBI中各个操作系统下载链接：.-Downloading-SRA-Toolkit

##1.下载
wget --output-document sratoolkit.tar.gz .0.5/sratoolkit.3.0.5-ubuntu64.tar.gz
##2.解压
tar -vxzf sratoolkit.3.0.5-ubuntu64.tar.gz
##3.配置环境
echo "export PATH=/home/shpcv2_kvce3/software/sratoolkit.3.0.5-ubuntu64/bin:\$PATH ">>~/.bashrc
source ~/.bashrc
##4.验证
which fastq-dump
#输出  /home/shpcv2_kvce3/software/ratoolkit.3.0.5-ubuntu64/bin/fastq-dump
##5.测试
fastq-dump --stdout -X 2 SRR390728
#输出以下：
#Read 2 spots for SRR390728
#Written 2 spots for SRR390728
#@SRR390728.1 1 length=72
#CATTCTTCACGTAGTTCTCGAGCCTTGGTTTTCAGCGATGGAGAATGACTTTGACAAGCTGAGAGAAGNTNC
#+SRR390728.1 1 length=72
#;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;9;;665142;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;96&&&&(
#@SRR390728.2 2 length=72
#AAGTAGGTCTCGTCTGTGTTTTCTACGAGCTTGTGTTCCAGCTGACCCACTCCCTGGGTGGGGGGACTGGGT
#+SRR390728.2 2 length=72
#;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;;;3;393.1+4&&5&&;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<9;<;;;;;464262

参考官方指南：

.-Installing-SRA-Toolkit

方法2

使用conda安装, 首先先唤醒conda

source {你的conda安装目录/bin/activate}
# 我的代码 source ~/miniconda/bin/activate

conda install -y sra-tools

或

sudo apt install sra-toolkit

在收集了SRA编号后，还可以直接获取下载链接

srapath SRR24129389
## 输出为 

3. 将sra格式数据转化为fastq格式数据

方法一：使用fastq-dump

fastq-dump --gzip --split-3 -O ${outdirectory} SRR24129389.sra
##参数
#--gzip ：输出gz格式压缩文件，节省空间，稍微多费点时间
#-O ${directory} ：设置输出的文件间路径，outdirectory改为相应路径
#--split-3 ：不知道sra是单端还是双端，默认使用--split-3##例 fastq-dump --gzip --split-3 -O trans SRR24129389.sra
##trans是我设置的输出文件夹

方法二：使用fasterq-dump
使用差不多，参数上多了线程数 -e

fasterq-dump  -p -e 24 --split-3 -O ${outdirectory} SRR24129389.sra
#-p 可以显示进程
#-e 24 使用24个线程
## fasterq-dump -p -e 4 --split-3 -O trans SRR24129389.sra
##trans是我设置的输出文件夹

总结一下，fasterq-dump速度可以完胜fastq-dump，值得注意的是，fasterq-dump没有压缩选项，而fastq-dump可以直接输出gz压缩fq文件

4. FastQC 安装

4.1 FastQC简介
FastQC是一款基于Java语言设计的软件，目前可以直接下载免费使用，一般在Linux环境下使用命令行执行程序，它可以快速地多线程地对测序数据进行质量控制（Quality Control），还能进行质量可视化来查看质控效果。运行一段时间以后，会出现报告。使用浏览器打开后缀是html的文件，这就是图表化的fastqc报告。

4.2 首先安装Java环境

#查看是否已安装了Java
which java
java -version

#安装Java
sudo apt install default-jre

4.3 基于conda安装FastQC

source /miniconda/bin/activate #启动唤醒conda
conda create -n fastqc #首先创建fastqc环境，输入y
conda active fastqc #进入fastqc环境
conda install -c bioconda fastqc #安装fastqc
fastqc --version ##查看是否安装成功
fastqc --help  ##查看参数

4.4 使用fastqc进行质量检测

#单个文件处理
fastqc 样本名称  
#批量文件处理
fastqc 样本1 样本2 … -o 文件夹  #默认输出文件夹为输入文件所在的位置
#或
fastqc *.fastq -o 文件夹  #默认输出文件夹为输入文件所在的位置

生成.html网页文件和.zip文件

参考文献

Fastp使用方法
FastQC的安装与使用
sra转fastq笔记