如何向NCBI的SRA上传数据

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如何向NCBI的SRA上传数据

首先访问SRA的提交界面，/，在没有登陆NCBI时，网页内容如下所示

未登录时

点击Log in, 会进入一个新的网页用于登陆或者创建新的NCBI账户。

登陆NCBI

在创建完账号或者登陆之后，返回之前的SRA上传页面，界面就变成了如下。

登陆后

他提示了有三种方法可以递交：

• Aspera浏览器插件
• Aspera命令行和FTP上传
• Amzon S3方式

个人比较喜欢用Aspera命令行的方式（FTP对于国内用户或许有点慢）

在Apeara命令和FPT上传选项中点击如下的蓝色小按钮

预上传文件夹

点击之后，页面就会发生变化，跳出每个用户专门的预上传地址，还有专门的上传说明文字。

上传地址

有了地址之后，下一步就是安装Aspera, 在Aspera上选择合适的版本，我装的就是Linux版本。

wget .8.1/ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz
tar xf ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz
./ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.sh

安装的内容存放在~/.aspera/connect下。所使用到的命令如下

ascp -i <path/to/key_file> -QT -l100m -k1 -d <path/to/folder/containing files> subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/每个人都不同

<path/to/key_file>要点击上图中的Get the key file下载，然后上传到服务器上。
<path/to/folder/containing files> 是你需要上传的数据的本地路径。

或者你对你自己的FTP速度有足够自信的话，可以尝试用FTP上传，在FTP upload中找到地址、用户名和密码，以及要上传的目录，

FTP upload

之后就随便找一个图形化的FTP工具上传即可，例如FileZilla

FileZilla

所有数据上传之后，你可以点击页面的New submission创建一个新的上传任务。

然后就是一步一步的填写信息，将你预先上传的数据和你的项目进行关联。这里的SUBXXXX是临时的，完成上传后就自动无效，并且还可以反悔中途取消掉。

填写信息