5+非肿瘤+细胞凋亡相关生信思路，请自行查阅

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5+非肿瘤+细胞凋亡相关生信思路，请自行查阅

今天给同学们分享一篇生信文章“Genome-wide identification and functional analysis of dysregulated alternative splicing profiles in sepsis”，这篇文章发表在J Inflamm (Lond)期刊上，影响因子为5.1。

结果解读：

脓毒症患者和健康对照中脓毒症相关AS的鉴定（图1）

不同组细胞凋亡相关基因动态AS事件的检测

接下来，作者将AS的分析结果与RNA-seq表达的结果相结合。作者观察到，IFI27和SHISA5都是凋亡相关基因，受5pMXE AS模式控制，与健康组和感染组相比，在脓毒症中表现出显著的差异表达水平（图2A）。此外，感染性休克中外显子保留事件的频率高于脓毒症，因此表明外显子保持事件与脓毒症的严重程度密切相关。重要的是，在脓毒症患者中，当比较健康组和感染组时，IFI27和SHISA5的AS比率显著不同。总之，这些结果表明，细胞凋亡相关基因被全局激活，并显示出不同的AS模式，这可能是脓毒症的潜在靶点。

脓毒症患者和健康供体中差异表达的RNA结合蛋白（DE-RBP）

DEG的分析揭示了不同组中与RNA结合蛋白相关的统计学意义。健康对照组和患者根据PCA中的基因表达率进行了明确的区分。然而，轻度感染、脓毒症和脓毒症休克组不能明确区分（图第3A段）。RBPs的数量与感染的严重程度有关；差异表达的RNA结合蛋白的比例在脓毒症休克中最高；这明显高于所有其他组（图第3B段）。每组中RBP的差异表达模式如图3C中的热图所示，包括疾病组和健康组之间显示显著差异的RBP；感染性休克组和脓毒症组之间没有统计学上的显著差异。

脓毒症患者和健康供体中AS事件与RBP基因的协调

AS事件和RBP基因之间的显著相互作用在与细胞凋亡相关的GO生物学过程术语中特别富集（图4A）。与对照组中观察到的表达相比，脓毒症组中存在的DDX24、CBFA2T2、NOP、ILF3、DNMT1、FTO、PPRC1和NOLC1的表达水平显著降低（图第4B段）。为了验证在GSE154918 RNA-seq数据中观察到的脓毒症相关RBP基因的表达变化，来自共表达网络的八个RBP和两个高度共表达的AS相关基因使用从脓毒症患者和正常对照获得的血液样本进行了qRT-PCR验证。

总结

在本研究中，作者描述了AS的特征，并描述了与AS相关的基因在脓毒症中的功能。此外，我们确定了RBPs在脓毒症进展中的重要作用。此外，RASG的功能途径与细胞凋亡途径、催化活性的调节和细胞凋亡的正调控有关。还生成了RBP-RAS-RASG网络的功能路径图，代表了一种新的基于RBP的转录后网络，该网络将脓毒症的进展和脓毒症微环境中的免疫调节联系起来。特别是，这些转录物编码分泌因子，这些分泌因子不仅限制脓毒症的转移，而且重塑脓毒症免疫微环境以抑制免疫功能。剪接因子的改变，包括转录改变，以及它们在脓毒症发展中的功能影响，已经被广泛研究。