学习GTEx数据库

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学习GTEx数据库

每个个体的不同的器官组织的基因（Gene）都是相同的，但为什么有的表型为肝脏组织，帮助人类代谢？有的是肌肉组织，帮助人类运动？其原因是，不同的人体组织表达的基因并不相同。

（1）GTEx简介

访问链接：Genotype-Tissue Expression Project (GTEx) (genome.gov)

GTEx（Genotype-Tissue Expression，基因型-组织表达）项目，通过收集健康人体的不同组织样本，尝试了解人类不同组织/器官的特异性基因表达。该项目主要由美国NIH（国立卫生研究院）的公共基金计划连续资助了10年（2010-2019）。

GTEx项目的目的是研究人类不同组织的特异性基因表达和调节。GTEx 项目最终的数据库（第八版，V8），包括来自于838位生前健康的人类捐献者的DNA数据（包含Whole Genome Sequencing (WGS) 和 Whole Exome Sequencing (WES)）；17382份RNA-seq 数据，其来自于近1000个人类个体，涵盖54个不同组织器官部位（目前世界唯一能收集这么全的健康人体组织样本）；以及2个来自捐献者血液和皮肤的细胞系。

注意：GTEx收集的是正常人身上的组织来进行的测序，所以GTEx数据库包括的就只是正常人的数据。

这个数据集的用处呢，一方面是可以研究正常人不同组织之间的基因表达的区别。另外的一个呢，就是和TCGA联合使用。由于TCGA重点收集的还是癌症组织的数据，对于其正常的数据收集的相对来说较少，由于正常样本少所以对于差异表达的结果可能就不是很准确。这个时候如果我们把GTEx的数据纳入进来，这样分析的结果就会准确一些了。

（2）数据下载站点

如果想要想在相关的数据的话，每个数据库都提供了自己的下载方式。另外，很多别的机构也都提供了这个数据的下载链接，这个还是很推荐使用UCSC XENA (/)。这里汇总和目前常用的很多公共数据库的原始数据。

（3）V8数据总结

 组织类型（54）：

参考博客：GTEx数据库简介（1） - 知乎 (zhihu)

 TCGA、ICGC、GTEx 数据库都是啥？ - 知乎 (zhihu)

GTEx:基因型和基因表达量关联数据库-CSDN博客