pandas教程：Binary Data Formats 二进制数据格式

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pandas教程：Binary Data Formats 二进制数据格式

文章目录

• 6.2 Binary Data Formats (二进制数据格式)
• 1 Using HDF5 Format
• 2 Reading Microsoft Excel Files（读取微软的excel文件）

6.2 Binary Data Formats (二进制数据格式)

最简单的以二进制的格式来存储数据的方法（也被叫做serialization，序列化），就是用python内建的pickle。所有的pandas object都有一个to_pickle方法，可以用来存储数据为pickle格式：

import pandas as pd
import numpy as np

frame = pd.read_csv('../examples/ex1.csv')
frame

	a	b	c	d	message
0	1	2	3	4	hello
1	5	6	7	8	world
2	9	10	11	12	foo

frame.to_pickle('../examples/frame_pickle')

!ls ../examples/

array_archive.npz          [31mmacrodata.csv[m[m
array_compressed.npz       mydata.csv
[31marray_ex.txt[m[m               [31mout.csv[m[m
[31mcsv_mindex.csv[m[m             [31msegismundo.txt[m[m
[31mex1.csv[m[m                    sink.txt
[31mex1.xlsx[m[m                   some_array.npy
[31mex2.csv[m[m                    [31mspx.csv[m[m
[31mex3.csv[m[m                    [31mstinkbug.png[m[m
[31mex3.txt[m[m                    [31mstock_px.csv[m[m
[31mex4.csv[m[m                    [31mstock_px_2.csv[m[m
[31mex5.csv[m[m                    [31mtest_file.csv[m[m
[31mex6.csv[m[m                    [31mtips.csv[m[m
[31mex7.csv[m[m                    tmp.txt
[31mexample.json[m[m               [31mtseries.csv[m[m
[31mfdic_failed_bank_list.html[m[m [31mvolume.csv[m[m
frame_pickle               [31myahoo_price.pkl[m[m
[31mipython_bug.py[m[m             [31myahoo_volume.pkl[m[m

用内建的pickle可以直接读取任何pickle文件，或者直接用pandas.read_pickle:

pd.read_pickle('../examples/frame_pickle')

	a	b	c	d	message
0	1	2	3	4	hello
1	5	6	7	8	world
2	9	10	11	12	foo

注意：pickle只推荐用于短期存储。因为这种格式无法保证长期稳定；比如今天pickled的一个文件，可能在库文件更新后无法读取。

python还支持另外两种二进制数据格式：HDF5和MessagePack。下面会介绍一个HDF5，但是我们鼓励你多尝试一个不同的文件格式，看看他们能有多快，是否符合你数据分析的要求。另外一些可用的存储格式有：bcolz 和 Feather。

1 Using HDF5 Format

HDF5格式是用来存储大量的科学数组数据的。这种格式还能用于其他一些语言。其中HDF表示hierarchical data format。每一个HDF5格式能春初多个数据集，并支持metadata。

元数据(meta data)——“data about data” 关于数据的数据，一般是结构化数据（如存储在数据库里的数据，规定了字段的长度、类型等）。元数据是指从信息资源中抽取出来的用于说明其特征、内容的结构化的数据(如题名,版本、出版数据、相关说明,包括检索点等)，用于组织、描述、检索、保存、管理信息和知识资源。

HDF5 支持多种压缩模式的on-the-fly compression（即时压缩），能让数据中一些重复的部分存储地更有效。HDF5对于处理大数据集是一个很好的选择，因为他不会把所有数据一次性读取到内存里，我们可以从很大的数组中有效率地读取一小部分。

能用PyTables或h5py来访问HDF5数据，pandas也有提供一个high-level的交互界面。HDFStore类像dict一样能用来处理low-level细节：

frame = pd.DataFrame({'a': np.random.randn(100)})store = pd.HDFStore('../examples/mydata.h5')

frame.head()

	a
0	0.908968
1	-0.589368
2	0.015493
3	0.029850
4	1.682180

cat ../examples/mydata.csv

one;two;three
1;2;3
4;5;6
7;8;9

store['obj1'] = framestore['obj1_col'] = frame['a']store

<class 'pandas.io.pytables.HDFStore'>
File path: ../examples/mydata.h5
/obj1                frame        (shape->[100,1])
/obj1_col            series       (shape->[100])  

HDF5中的object能用像dict一样的API来提取：

store['obj1']

	a
0	0.908968
1	-0.589368
2	0.015493
3	0.029850
4	1.682180
5	-0.977549
6	0.806008
7	-0.458852
8	-0.833007
9	0.410430
10	-0.232093
11	0.002657
12	-0.642136
13	-1.772356
14	0.411567
15	1.259846
16	-0.730757
17	-1.401318
18	2.984850
19	-0.140144
20	-0.972235
21	-0.592930
22	1.538674
23	-0.052034
24	0.260698
25	-0.859609
26	1.119075
27	-0.898982
28	0.191869
29	1.013184
...	...
70	0.507719
71	-0.146967
72	0.694807
73	-0.482966
74	1.816455
75	0.535113
76	-1.006997
77	2.088429
78	-0.449548
79	1.133784
80	0.413018
81	0.324538
82	1.434230
83	0.767194
84	2.073305
85	-2.643750
86	2.330771
87	-1.683786
88	1.631209
89	0.036383
90	0.755447
91	-0.712269
92	-0.914963
93	-0.660928
94	1.465104
95	0.101968
96	0.669502
97	-0.210062
98	-0.453599
99	0.848008

100 rows × 1 columns

HDFStore支持两种存储架构，fixed和table。后者通常更慢一些，但支持查询操作：

store.put('obj2', frame, format='table')

store.select('obj2', where=['index >= 10 and index <= 15'])

	a
10	-1.186667
11	0.628998
12	-0.668921
13	0.775731
14	-1.329899
15	1.920832

put是存储的另一种写法，类似于之前的store['obj2'] = frame，但这种协防能让我们设置存储格式。

pandas.read_hdf函数也很方便：

frame.to_hdf('../examples/mydata.h5', 'obj3', format='table')

pd.read_hdf('../examples/mydata.h5', 'obj3', where=['index < 5'])

	a
0	1.324210
1	0.770813
2	0.554799
3	-1.741867
4	-1.875071

注意：如果我们是把数据存在远端服务器上，比如Amazon S3或HDFS，使用一些为分布式存储实际的二进制格式会更适合一些，比如Apache Parquet。

如果是在本地处理很大数据量的话，推荐尝试PyTables和h5py看是否符合你的要求。因为很多数据分析问题都受限于I/O，所以用HDF5这样的工具能加快应用。

注意：HDF5不是数据库（database）。它最适合一次写入，多次读取的数据库。尽管数据可以在任何时间多次写入一个文件，如果多个使用者同时写入的话，文件会被破坏。

2 Reading Microsoft Excel Files（读取微软的excel文件）

pandas支持读取表格型数据（excel 2003或更高）文件，使用ExcelFile class或pandas.read_excel函数。这些工具需要一些富家的包xlrd和openpyxl来分别读取XLS和XLSX文件。你可以通过pip或conda来安装。

使用ExcelFile，创建一个instance，通过给xls或xlsx一个路径：

xlsx = pd.ExcelFile('../examples/ex1.xlsx')

保存在sheet里的数据，可以通过parse来读取为DataFrame：

pd.read_excel(xlsx, 'Sheet1')

	a	b	c	d	message
0	1	2	3	4	hello
1	5	6	7	8	world
2	9	10	11	12	foo

如果要读取一个文件中的多个sheet，用ExcelFile会更快。但让你也能把文件名直接传递给pandas.read_excel:

frame = pd.read_excel('../examples/ex1.xlsx', 'Sheet1')
frame

	a	b	c	d	message
0	1	2	3	4	hello
1	5	6	7	8	world
2	9	10	11	12	foo

如果要把pandas数据写为Excel格式，你必须先创建一个ExcelWrite，然后用to_excel方法：

writer = pd.ExcelWriter('../examples/ex2.xlsx')

frame.to_excel(writer, 'Sheet1')

writer.save()

如果不适用ExcelWriter的话，可以直接传给to_excel一个path：

frame.to_excel('../examples/ex2.xlsx')