最近尝试使用R包来进行SparCC的分析,结果在下载该包的时候受到阻碍,原因是该包是在github上的,一般github上的包下载会比较吃力(即使我安装了最新的github加速工具),有各种各样的问题,处理的过程如下:
1. 首先是直接使用devtools::install_github 去安装:
library(devtools)
devtools::install_github('zdk123/SpiecEasi')
结果不出意外的报错了,因为处理过程反复进行R的重启,所以具体的报错信息没有进行及时的截图保存,但是大致的意思是这样的:Warning in system(cmd) : ‘make‘ not found,就是make出了问题,具体make是啥我不太清楚。
# 报错内容没有及时截图保存,大致是这的:
Warning in system(cmd) : 'make' not found
ERROR: compilation failed for package 'SpiecEasi'
2. 之后尝试使用老办法,即从github上下载安装包,进行本地安装,结果还是没成功,这个包有依赖包,就算一个个下载安装可以也挺麻烦的(这里就展示出报错内容了,大家看看就好)
install.packages("D:/系统文件管理/桌面/SpiecEasi-master/SpiecEasi-master",
repos = NULL,type = "source")
3. 没办法了,只能去百度了,借鉴了这个帖子,对我帮助很大!Rstudio安装R包报错:Warning in system(cmd) : ‘make‘ not found_BioFlorist的博客-CSDN博客_rstudio安装后提示错误
总结一下就是Rstudio和R的版本太低了,然后make出来问题,只要更新一下R和Rstudio,之后相应的安装一下Rtools,应该就可以了
(1)更新Rstudio,由于我的R版本是4.1.2,太低了于是系统提示需要把R也更新一下,照做了
# install.packages("installr")
library(installr)
updateR()
(2)然后去指定的R官网下载与你的R版本对应的Rtools即可(我的R版本是4.2.1,Rtools版本需安装适配R4.2及以上的就行),不推荐使用代码下载,手动下载安装就行。网站的地址为:
Rtools42 for Windows 和 Index of /nosvn/winutf8/ucrt3 (r-project)
我用了前者,下载的版本是是rtools42-5253-5107-signed.exe,官网提示这个版本适用于4.2及以上的R,文件大小是456Mb,建议使用迅雷下载,自定义安装到D盘:
注意,不要按照前面提到的帖子中安装的版本去安装Rtools,帖子中的那个版本不适合4.2的R,安装后不适配仍然会报错!
将其下载下来,在指定的目录安装即可,之后运行代码,检测make的位置信息,能显示“make”路径即可——我的是 "D:\\APP~1.STO\\rtoola\\rtools42\\usr\\bin\\make.exe"
writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', con = "~/.Renviron")
Sys.which("make")
# make
# "D:\\APP~1.STO\\rtoola\\rtools42\\usr\\bin\\make.exe"
这边有个小插曲:如果没有显示make的路径,要重新启动一下Rstudio。
(3)之后安装帖子的提示,安装jsonlite包来检验你的Rtools是否好用:
install.packages("jsonlite", type = "source")
Ok,目测新安装的Rtools好用,下面就进行 SpiecEasi 包的安装,直接安装就可以了:
library(devtools)
devtools::install_github('zdk123/SpiecEasi')
library(SpiecEasi)
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