R语言绘制structure图

• 输入文件准备
• R语言代码

上一篇文章：【群体结构】CLUMPP软件使用

前面讲到利用CLUMPP合并多个K值的结果，这边主要叙述R语言绘制structure图。

代码相对简单，我主要利用R语言的低级函数rect()完成。

输入文件准备

• 包含四列，第1列名字（也可以去掉），第2-4列为K的成分比例。
  

R语言代码

导入文件名为plot.clumpp.txt，格式如上。通过循环每一行，将不同的列的值进行绘制方块，达到效果。

plotData<-read.table("plot.clumpp.txt",header=T)
plot(c(0,241),c(0,1),axes=F,xlab="",ylab="",type="n")
col1<-c('blue','green','red')
for(i in 1:241){
	#利用累加数值来改变y轴绘图的位置，来达到堆积的效果
    rect(i-1,plotData[i,2],i,0,col=col1[1],border=NA)		
    rect(i-1,plotData[i,2]+plotData[i,3],i,plotData[i,2],col=col1[2],border=NA)
    rect(i-1,1,i,plotData[i,2]+plotData[i,3],col=col1[3],border=NA)
    # K值较大，需要增加rect，这边适用于K=3
}

成品图如下：